[GeoNetwork-users-fr] Rép. : Re: Blocage de l'indexation au démarrage (encore...)

bonjour,

non on n'a pas trouvé de solution pour contourner ce problème.

le plus ennuyeux c'est qu'on est passé sur une configuration avec des composants serveur 100% Opensource (machine Linux, serveur Tomcat , sgdb Postgresql, Géosource 2.2.1 : le tout sur la même machine en suivant le tutorial d'installation) en espérant que ça marcherait dans cette configuration et qu'on rencontre toujours ce problème :
après saisie d'une fiche de MD (avec Mozilla) contenant un contact lié (pris dans la liste de contacts fournie en exemple dans Geosource) ou un mot-clé lié (pris dans un thesaurus externe fourni par Géosource), quand on essaye d'arrêter Tomcat, il ne s'arrête pas correctement (le process Java n'est pas tué) ;
lorsqu'on redémarre ensuite Tomcat, il ne démarre pas correctement et il n'y a pas d'autres solutions que d'aller supprimer la fiche de MD dans la base Postgre (en passant par le serveur Jetty !!!) pour que Tomcat redémarre correctement.

le log de Tomcat lors de l'arrêt de Tomcat est le suivant :
Nov 30, 2009 4:59:14 PM org.apache.coyote.http11.Http11BaseProtocol pause
INFO: Pausing Coyote HTTP/1.1 on http-8080
Nov 30, 2009 4:59:15 PM org.apache.catalina.core.StandardService stop
INFO: Stopping service Catalina
Nov 30, 2009 4:59:17 PM com.k_int.codec.util.OIDRegConfigurator load
INFO: Unable to find codec class : com.k_int.gen.ILL_APDU_Delivery_Info.APDU_Delivery_Info_codec
Nov 30, 2009 4:59:17 PM org.apache.coyote.http11.Http11BaseProtocol destroy
INFO: Stopping Coyote HTTP/1.1 on http-8080
Nov 30, 2009 4:59:17 PM org.apache.catalina.core.AprLifecycleListener lifecycleEvent
INFO: Failed shutdown of Apache Portable Runtime
Nov 30, 2009 4:59:17 PM org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache$ShutdownHook run
WARNING: Region [xlink] Disk cache not shutdown properly, shutting down now.
Nov 30, 2009 4:59:17 PM org.apache.catalina.loader.WebappClassLoader loadClass
INFO: Illegal access: this web application instance has been stopped already. Could not load org.apache.jcs.auxiliary.di
sk.indexed.IndexedDiskCache$1. The eventual following stack trace is caused by an error thrown for debugging purposes as
well as to attempt to terminate the thread which caused the illegal access, and has no functional impact.
java.lang.IllegalStateException
        at org.apache.catalina.loader.WebappClassLoader.loadClass(WebappClassLoader.java:1272)
        at org.apache.catalina.loader.WebappClassLoader.loadClass(WebappClassLoader.java:1232)
        at java.lang.ClassLoader.loadClassInternal(ClassLoader.java:320)
        at org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache.doDispose(IndexedDiskCache.java:920)
        at org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache$ShutdownHook.run(IndexedDiskCache.java:1620)

et lors du redémarrage :
Nov 30, 2009 5:00:40 PM org.apache.catalina.core.AprLifecycleListener lifecycleEvent
INFO: The Apache Tomcat Native library which allows optimal performance in production environments was not found on the j
ava.library.path: /usr/java/jdk1.5.0_22/jre/lib/amd64/server:/usr/java/jdk1.5.0_22/jre/lib/amd64:/usr/java/jdk1.5.0_22/jr
e/../lib/amd64
Nov 30, 2009 5:00:40 PM org.apache.coyote.http11.Http11BaseProtocol init
INFO: Initializing Coyote HTTP/1.1 on http-8080
Nov 30, 2009 5:00:40 PM org.apache.catalina.startup.Catalina load
INFO: Initialization processed in 1189 ms
Nov 30, 2009 5:00:41 PM org.apache.catalina.core.StandardService start
INFO: Starting service Catalina
Nov 30, 2009 5:00:41 PM org.apache.catalina.core.StandardEngine start
INFO: Starting Servlet Engine: Apache Tomcat/5.5.28
Nov 30, 2009 5:00:41 PM org.apache.catalina.core.StandardHost start
INFO: XML validation disabled
Nov 30, 2009 5:00:55 PM org.apache.jcs.engine.control.CompositeCacheManager getUnconfiguredInstance
INFO: Instance is null, creating with provided config
Nov 30, 2009 5:00:55 PM org.apache.jcs.utils.threadpool.ThreadPoolManager loadConfig
INFO: thread_pool.default PoolConfiguration = useBoundary = [true] boundarySize = [2000] maximumPoolSize = [150] minimumP
oolSize = [4] keepAliveTime = [300000] whenBlockedPolicy = [RUN] startUpSize = [4]
Nov 30, 2009 5:00:55 PM org.apache.jcs.engine.control.CompositeCacheConfigurator setDefaultAuxValues
INFO: Setting default auxiliaries to
Nov 30, 2009 5:00:55 PM org.apache.jcs.engine.control.CompositeCacheConfigurator setDefaultCompositeCacheAttributes
INFO: setting defaultCompositeCacheAttributes to [ useLateral = true, useRemote = true, useDisk = true, maxObjs = 1000, m
axSpoolPerRun = 500, diskUsagePattern = 0 ]
Nov 30, 2009 5:00:55 PM org.apache.jcs.engine.control.CompositeCacheConfigurator setDefaultElementAttributes
INFO: setting defaultElementAttributes to [ IS_LATERAL = true, IS_SPOOL = true, IS_REMOTE = true, IS_ETERNAL = false, Max
LifeSeconds = -1, IdleTime = -1, CreateTime = 1259596855350, LastAccessTime = 1259596855350, getTimeToLiveSeconds() = -1,
createTime = 1259596855350 ]
Nov 30, 2009 5:00:55 PM org.apache.jcs.engine.control.CompositeCacheConfigurator parseElementAttributes
INFO: No special ElementAttribute class defined for key [jcs.region.xlink.elementattributes], using default class.
Nov 30, 2009 5:00:55 PM org.apache.jcs.engine.memory.lru.LRUMemoryCache initialize
INFO: initialized LRUMemoryCache for xlink
Nov 30, 2009 5:00:55 PM org.apache.jcs.engine.control.CompositeCache <init>
INFO: Constructed cache with name [xlink] and cache attributes [ useLateral = true, useRemote = true, useDisk = true, max
Objs = 10000, maxSpoolPerRun = -1, diskUsagePattern = 0 ]
Nov 30, 2009 5:00:55 PM org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache <init>
INFO: Region [xlink] Cache file root directory: jcs_caching
Nov 30, 2009 5:00:55 PM org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache initKeyMap
INFO: Region [xlink] Set maxKeySize to: '5000'
Nov 30, 2009 5:00:55 PM org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache <init>
INFO: Region [xlink] Indexed Disk Cache is alive.
Nov 30, 2009 5:00:55 PM org.apache.jcs.engine.control.CompositeCacheConfigurator parseRegions
INFO: Parsed regions [xlink]
Nov 30, 2009 5:00:55 PM org.apache.jcs.engine.control.CompositeCacheConfigurator doConfigure
INFO: Finished configuration in 249 ms.

apparemment pas d'erreur dans le log lors du redémarrage de Tomcat, néanmoins l'URL de Géosource ne répond pas...

après suppression de la fiche de MD, le log de Tomcat au redémarrage (correct) de Tomcat est le suivant :
Nov 30, 2009 5:26:46 PM org.apache.catalina.core.AprLifecycleListener lifecycleEvent
INFO: The Apache Tomcat Native library which allows optimal performance in production environments was not found on the j
ava.library.path: /usr/java/jdk1.5.0_22/jre/lib/amd64/server:/usr/java/jdk1.5.0_22/jre/lib/amd64:/usr/java/jdk1.5.0_22/jr
e/../lib/amd64
Nov 30, 2009 5:26:47 PM org.apache.coyote.http11.Http11BaseProtocol init
INFO: Initializing Coyote HTTP/1.1 on http-8080
Nov 30, 2009 5:26:47 PM org.apache.catalina.startup.Catalina load
INFO: Initialization processed in 1190 ms
Nov 30, 2009 5:26:47 PM org.apache.catalina.core.StandardService start
INFO: Starting service Catalina
Nov 30, 2009 5:26:47 PM org.apache.catalina.core.StandardEngine start
INFO: Starting Servlet Engine: Apache Tomcat/5.5.28
Nov 30, 2009 5:26:47 PM org.apache.catalina.core.StandardHost start
INFO: XML validation disabled
Nov 30, 2009 5:27:10 PM org.apache.coyote.http11.Http11BaseProtocol start
INFO: Starting Coyote HTTP/1.1 on http-8080
Nov 30, 2009 5:27:10 PM org.apache.jk.common.ChannelSocket init
INFO: JK: ajp13 listening on /0.0.0.0:8009
Nov 30, 2009 5:27:10 PM org.apache.jk.server.JkMain start
INFO: Jk running ID=0 time=0/49 config=null
Nov 30, 2009 5:27:10 PM org.apache.catalina.storeconfig.StoreLoader load
INFO: Find registry server-registry.xml at classpath resource
Nov 30, 2009 5:27:11 PM org.apache.catalina.startup.Catalina start
INFO: Server startup in 23922 ms

et à l'arrêt (correct) de Tomcat :
Nov 30, 2009 5:34:16 PM org.apache.coyote.http11.Http11BaseProtocol pause
INFO: Pausing Coyote HTTP/1.1 on http-8080
Nov 30, 2009 5:34:17 PM org.apache.catalina.core.StandardService stop
INFO: Stopping service Catalina
Nov 30, 2009 5:34:18 PM com.k_int.codec.util.OIDRegConfigurator load
INFO: Unable to find codec class : com.k_int.gen.ILL_APDU_Delivery_Info.APDU_Delivery_Info_codec
Nov 30, 2009 5:34:19 PM org.apache.coyote.http11.Http11BaseProtocol destroy
INFO: Stopping Coyote HTTP/1.1 on http-8080
Nov 30, 2009 5:34:19 PM org.apache.catalina.core.AprLifecycleListener lifecycleEvent
INFO: Failed shutdown of Apache Portable Runtime
Nov 30, 2009 5:34:19 PM org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache$ShutdownHook run
WARNING: Region [xlink] Disk cache not shutdown properly, shutting down now.
Nov 30, 2009 5:34:19 PM org.apache.catalina.loader.WebappClassLoader loadClass
INFO: Illegal access: this web application instance has been stopped already. Could not load org.apache.jcs.auxiliary.di
sk.indexed.IndexedDiskCache$1. The eventual following stack trace is caused by an error thrown for debugging purposes as
well as to attempt to terminate the thread which caused the illegal access, and has no functional impact.
java.lang.IllegalStateException
        at org.apache.catalina.loader.WebappClassLoader.loadClass(WebappClassLoader.java:1272)
        at org.apache.catalina.loader.WebappClassLoader.loadClass(WebappClassLoader.java:1232)
        at java.lang.ClassLoader.loadClassInternal(ClassLoader.java:320)
        at org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache.doDispose(IndexedDiskCache.java:920)
        at org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache$ShutdownHook.run(IndexedDiskCache.java:1620)

apparemment peu de différence mais dans un cas Géosource fonctionne et dans l'autre non...

bref on craque et les utilisateurs aussi et on a décider d'arrêter tout en attendant d'avoir plus d'information sur une configuration de type serveur qui fonctionne correctement.

dernière information pour terminer : les librairies Xalan sont nécessaires avec Tomcat 5.5 et Java 1.5 pour que les interfaces de saisie des contacts liés et mot-clés liés dans la fiche de MD fonctionnent correctement

merci d'avance de votre aide
I. Mallet

Benoist Fontaine <b.fontaine@anonymised.com> 30/11/09 14:06 >>>

Bonjour,

Nous sommes confronté au même problème :
plantage au redémarrage de tomcat lorsqu'un utilisateur a renseigné un
contact dans une métadonnée.

Avez-vous trouvé une solution pour contourner le problème ?
Merci d'avance,
Cordialement,
Benoist Fontaine.

Isabelle MALLET wrote:

bonjour,

merci pour vos réponses

effectivement l'index non spatial n'est pas recalculé à chaque redémarrage
de Tomcat
par contre l'index spatial l'est (fichier
geosource\web\geonetwork\WEB-INF\lucene\spatial\spatialIndex.qix )
or les fiches de MD saisies dans nos tests sont uniquement alphanumériques
(c'est à dire la partie visualisation géographique de notre configuration
est celle par défaut dans Géosource v2.2.1 ; on n'utilise pas les
fonctionnalités géographiques de Géosource v2.2.1)

l'opération réalisée est la suivante :
- création d'une MD à partir du modèle vue essentielle avec ajout d'un
contact lié et d'un mot-clé lié (thésaurus externe)
- publication de la MD
- consultation anonyme : ok
- arrêt du service Tomcat
- redémarrage de Tomcat
avec un profil Editor : blocage systèmatique au redémarrage de Tomcat
avec le profil admin : blocage fréquent (1 fois sur 3 environ)
- reconstruction de l'index (en passant par le serveur Jetty pour pouvoir
accéder à la fonctionnalité de reconstruction de l'index ; la
resynchronisation avec GAST ne suffit pas)
- redémarrage de Tomcat : ok

(remarque : les services Apache et Tomcat sont arrêtés toutes les nuits
pour des contraintes d'exploitation ;
néamoins meme si on n'arrêtait pas Tomcat toutes les nuits, il faudrait
quand même pouvoir le faire de temps en temps et avoir la garantie que
l'application redémarre correctement... :wink:

par ailleurs y-a-t'il des pistes sur la 2ème partie de la question :
possibilité de lancer la regénération de l'index "off line" par une
commande ou un script (qui pourrait être exécuté en mode batch avant
l'arrêt/redémarrage du service Tomcat) ?

merci d'avance
I. Mallet

Francois Prunayre < fx.prunayre@anonymised.com > 03/11/09 10:43 >>>

Bonjour,

Le 3 novembre 2009 10:26, Landry Breuil < breuil@anonymised.com > a écrit :

Isabelle MALLET wrote:

bonjour,

je reviens sur ce problème d'indexation au démarrage déjà évoquer dans
de nombreux messages sur la liste
(http://sourceforge.net/mailarchive/forum.php?thread_name=23CB51CBDF2BB7418AB6439FDE03A3B201F12221%40zephyr.agglo-rennesmetropole.fr&forum_name=geonetwork-users-fr)

sur notre serveur de dév, on a monté une configuration très proche de
celle décrite dans la documentation du Ca-SIF :
- serveurs Tomcat et Apache (mais sur Windows 2003 Server)
- Géosource 2.2.1

- base de données PostgreSQL (sur un serveur Linux séparé)

on rencontre systèmatiquement le problème de blocage du redémarrage du
service Tomcat après la saisie de fiches ayant des mots-clés et/ou
contacts liés : le blocage est lié au problème d'indexation de la
dernière fiche de métadonnées saisie
on s'en sort sans avoir besoin de supprimer la fiche, en faisant
simplement une regénération de l'index (menu Administration >
Reconstruire l'index)
mais c'est très très génant
- car il faut être logué "admin" pour faire cette opération de
réindexation et l'utilisateur qui saisit les fiches n'est pas censé à
avoir le profil "admin" et faire ce genre d'opération avant de terminer
sa session de saisie !
- car le service Tomcat est arrêté/redémarré automatiquement toutes les
nuits : donc si la réindexation n'est pas faite avant, le redemarrage
plante toutes les nuits...

Par curiosité, pourquoi redémarrer Tomcat toutes les nuits ?

ma question est donc la suivante :
1) est-il possible de désactiver l'indexation automatique au démarrage :
demande déjà formulée plusieurs fois sur la liste et bug corrigé dans
Geonetwork 2.4.1
cette option a elle été incluse dans Géosource 2.2.1 ?
(en tout cas le bug ne semble pas corrigé dans Géosource 2.2.1...)

Le commit que vous cherchez est le suivant :
http://geonetwork.svn.sourceforge.net/viewvc/geonetwork?view=rev&revision=5229
Qui a priori est intégré dans Geosource 2.2.1. Donc l'index ne devrait
pas être reconstruit a chaque démarrage de Tomcat.

En effet, sauf si l'index est dans un statut invalide (ce qui n'est en
général pas le cas lors d'un arrêt/redémarrage).

Ce qui semble étrange est le fait de bloquer sur la dernière fiche
alors que via l'admin, l'opération semble bien se passer. Auriez-vous
des précisions sur ce point ?

Salutations.

Francois

--
Cdlt,
Landry Breuil
Administrateur de données du CRAIG

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Bonjour,

Merci de votre réponse.
Le problème semble venir du fait que lorsque l'on renseigne un mot-clé ou un
contact, une URL s'inscrit dans la métadonnée (en base).
Lorsque tomcat démarre, Géosource lance l'indexation des métadonnées. L'URL
qui est en base n'est pas encore active, ce qui explique probablement le
plantage.
Je ne vois pas bien comment résoudre ce problème, mis à part ne pas lancer
l'indexation au démarrage.
Reste à savoir à quel niveau dans le code est géré cette indexation.
Nous poursuivons les recherches ...
Cordialement,
B.Fontaine.

Isabelle MALLET wrote:

bonjour,

non on n'a pas trouvé de solution pour contourner ce problème.

le plus ennuyeux c'est qu'on est passé sur une configuration avec des
composants serveur 100% Opensource (machine Linux, serveur Tomcat , sgdb
Postgresql, Géosource 2.2.1 : le tout sur la même machine en suivant le
tutorial d'installation) en espérant que ça marcherait dans cette
configuration et qu'on rencontre toujours ce problème :
après saisie d'une fiche de MD (avec Mozilla) contenant un contact lié
(pris dans la liste de contacts fournie en exemple dans Geosource) ou un
mot-clé lié (pris dans un thesaurus externe fourni par Géosource), quand
on essaye d'arrêter Tomcat, il ne s'arrête pas correctement (le process
Java n'est pas tué) ;
lorsqu'on redémarre ensuite Tomcat, il ne démarre pas correctement et il
n'y a pas d'autres solutions que d'aller supprimer la fiche de MD dans la
base Postgre (en passant par le serveur Jetty !!!) pour que Tomcat
redémarre correctement.

le log de Tomcat lors de l'arrêt de Tomcat est le suivant :
Nov 30, 2009 4:59:14 PM org.apache.coyote.http11.Http11BaseProtocol pause
INFO: Pausing Coyote HTTP/1.1 on http-8080
Nov 30, 2009 4:59:15 PM org.apache.catalina.core.StandardService stop
INFO: Stopping service Catalina
Nov 30, 2009 4:59:17 PM com.k_int.codec.util.OIDRegConfigurator load
INFO: Unable to find codec class :
com.k_int.gen.ILL_APDU_Delivery_Info.APDU_Delivery_Info_codec
Nov 30, 2009 4:59:17 PM org.apache.coyote.http11.Http11BaseProtocol
destroy
INFO: Stopping Coyote HTTP/1.1 on http-8080
Nov 30, 2009 4:59:17 PM org.apache.catalina.core.AprLifecycleListener
lifecycleEvent
INFO: Failed shutdown of Apache Portable Runtime
Nov 30, 2009 4:59:17 PM
org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache$ShutdownHook run
WARNING: Region [xlink] Disk cache not shutdown properly, shutting down
now.
Nov 30, 2009 4:59:17 PM org.apache.catalina.loader.WebappClassLoader
loadClass
INFO: Illegal access: this web application instance has been stopped
already. Could not load org.apache.jcs.auxiliary.di
sk.indexed.IndexedDiskCache$1. The eventual following stack trace is
caused by an error thrown for debugging purposes as
well as to attempt to terminate the thread which caused the illegal
access, and has no functional impact.
java.lang.IllegalStateException
        at
org.apache.catalina.loader.WebappClassLoader.loadClass(WebappClassLoader.java:1272)
        at
org.apache.catalina.loader.WebappClassLoader.loadClass(WebappClassLoader.java:1232)
        at java.lang.ClassLoader.loadClassInternal(ClassLoader.java:320)
        at
org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache.doDispose(IndexedDiskCache.java:920)
        at
org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache$ShutdownHook.run(IndexedDiskCache.java:1620)

et lors du redémarrage :
Nov 30, 2009 5:00:40 PM org.apache.catalina.core.AprLifecycleListener
lifecycleEvent
INFO: The Apache Tomcat Native library which allows optimal performance in
production environments was not found on the j
ava.library.path:
/usr/java/jdk1.5.0_22/jre/lib/amd64/server:/usr/java/jdk1.5.0_22/jre/lib/amd64:/usr/java/jdk1.5.0_22/jr
e/../lib/amd64
Nov 30, 2009 5:00:40 PM org.apache.coyote.http11.Http11BaseProtocol init
INFO: Initializing Coyote HTTP/1.1 on http-8080
Nov 30, 2009 5:00:40 PM org.apache.catalina.startup.Catalina load
INFO: Initialization processed in 1189 ms
Nov 30, 2009 5:00:41 PM org.apache.catalina.core.StandardService start
INFO: Starting service Catalina
Nov 30, 2009 5:00:41 PM org.apache.catalina.core.StandardEngine start
INFO: Starting Servlet Engine: Apache Tomcat/5.5.28
Nov 30, 2009 5:00:41 PM org.apache.catalina.core.StandardHost start
INFO: XML validation disabled
Nov 30, 2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.engine.control.CompositeCacheManager
getUnconfiguredInstance
INFO: Instance is null, creating with provided config
Nov 30, 2009 5:00:55 PM org.apache.jcs.utils.threadpool.ThreadPoolManager
loadConfig
INFO: thread_pool.default PoolConfiguration = useBoundary = [true]
boundarySize = [2000] maximumPoolSize = [150] minimumP
oolSize = [4] keepAliveTime = [300000] whenBlockedPolicy = [RUN]
startUpSize = [4]
Nov 30, 2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.engine.control.CompositeCacheConfigurator
setDefaultAuxValues
INFO: Setting default auxiliaries to
Nov 30, 2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.engine.control.CompositeCacheConfigurator
setDefaultCompositeCacheAttributes
INFO: setting defaultCompositeCacheAttributes to [ useLateral = true,
useRemote = true, useDisk = true, maxObjs = 1000, m
axSpoolPerRun = 500, diskUsagePattern = 0 ]
Nov 30, 2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.engine.control.CompositeCacheConfigurator
setDefaultElementAttributes
INFO: setting defaultElementAttributes to [ IS_LATERAL = true, IS_SPOOL =
true, IS_REMOTE = true, IS_ETERNAL = false, Max
LifeSeconds = -1, IdleTime = -1, CreateTime = 1259596855350,
LastAccessTime = 1259596855350, getTimeToLiveSeconds() = -1,
createTime = 1259596855350 ]
Nov 30, 2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.engine.control.CompositeCacheConfigurator
parseElementAttributes
INFO: No special ElementAttribute class defined for key
[jcs.region.xlink.elementattributes], using default class.
Nov 30, 2009 5:00:55 PM org.apache.jcs.engine.memory.lru.LRUMemoryCache
initialize
INFO: initialized LRUMemoryCache for xlink
Nov 30, 2009 5:00:55 PM org.apache.jcs.engine.control.CompositeCache
<init>
INFO: Constructed cache with name [xlink] and cache attributes [
useLateral = true, useRemote = true, useDisk = true, max
Objs = 10000, maxSpoolPerRun = -1, diskUsagePattern = 0 ]
Nov 30, 2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache <init>
INFO: Region [xlink] Cache file root directory: jcs_caching
Nov 30, 2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache initKeyMap
INFO: Region [xlink] Set maxKeySize to: '5000'
Nov 30, 2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache <init>
INFO: Region [xlink] Indexed Disk Cache is alive.
Nov 30, 2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.engine.control.CompositeCacheConfigurator parseRegions
INFO: Parsed regions [xlink]
Nov 30, 2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.engine.control.CompositeCacheConfigurator doConfigure
INFO: Finished configuration in 249 ms.

apparemment pas d'erreur dans le log lors du redémarrage de Tomcat,
néanmoins l'URL de Géosource ne répond pas...

après suppression de la fiche de MD, le log de Tomcat au redémarrage
(correct) de Tomcat est le suivant :
Nov 30, 2009 5:26:46 PM org.apache.catalina.core.AprLifecycleListener
lifecycleEvent
INFO: The Apache Tomcat Native library which allows optimal performance in
production environments was not found on the j
ava.library.path:
/usr/java/jdk1.5.0_22/jre/lib/amd64/server:/usr/java/jdk1.5.0_22/jre/lib/amd64:/usr/java/jdk1.5.0_22/jr
e/../lib/amd64
Nov 30, 2009 5:26:47 PM org.apache.coyote.http11.Http11BaseProtocol init
INFO: Initializing Coyote HTTP/1.1 on http-8080
Nov 30, 2009 5:26:47 PM org.apache.catalina.startup.Catalina load
INFO: Initialization processed in 1190 ms
Nov 30, 2009 5:26:47 PM org.apache.catalina.core.StandardService start
INFO: Starting service Catalina
Nov 30, 2009 5:26:47 PM org.apache.catalina.core.StandardEngine start
INFO: Starting Servlet Engine: Apache Tomcat/5.5.28
Nov 30, 2009 5:26:47 PM org.apache.catalina.core.StandardHost start
INFO: XML validation disabled
Nov 30, 2009 5:27:10 PM org.apache.coyote.http11.Http11BaseProtocol start
INFO: Starting Coyote HTTP/1.1 on http-8080
Nov 30, 2009 5:27:10 PM org.apache.jk.common.ChannelSocket init
INFO: JK: ajp13 listening on /0.0.0.0:8009
Nov 30, 2009 5:27:10 PM org.apache.jk.server.JkMain start
INFO: Jk running ID=0 time=0/49 config=null
Nov 30, 2009 5:27:10 PM org.apache.catalina.storeconfig.StoreLoader load
INFO: Find registry server-registry.xml at classpath resource
Nov 30, 2009 5:27:11 PM org.apache.catalina.startup.Catalina start
INFO: Server startup in 23922 ms

et à l'arrêt (correct) de Tomcat :
Nov 30, 2009 5:34:16 PM org.apache.coyote.http11.Http11BaseProtocol pause
INFO: Pausing Coyote HTTP/1.1 on http-8080
Nov 30, 2009 5:34:17 PM org.apache.catalina.core.StandardService stop
INFO: Stopping service Catalina
Nov 30, 2009 5:34:18 PM com.k_int.codec.util.OIDRegConfigurator load
INFO: Unable to find codec class :
com.k_int.gen.ILL_APDU_Delivery_Info.APDU_Delivery_Info_codec
Nov 30, 2009 5:34:19 PM org.apache.coyote.http11.Http11BaseProtocol
destroy
INFO: Stopping Coyote HTTP/1.1 on http-8080
Nov 30, 2009 5:34:19 PM org.apache.catalina.core.AprLifecycleListener
lifecycleEvent
INFO: Failed shutdown of Apache Portable Runtime
Nov 30, 2009 5:34:19 PM
org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache$ShutdownHook run
WARNING: Region [xlink] Disk cache not shutdown properly, shutting down
now.
Nov 30, 2009 5:34:19 PM org.apache.catalina.loader.WebappClassLoader
loadClass
INFO: Illegal access: this web application instance has been stopped
already. Could not load org.apache.jcs.auxiliary.di
sk.indexed.IndexedDiskCache$1. The eventual following stack trace is
caused by an error thrown for debugging purposes as
well as to attempt to terminate the thread which caused the illegal
access, and has no functional impact.
java.lang.IllegalStateException
        at
org.apache.catalina.loader.WebappClassLoader.loadClass(WebappClassLoader.java:1272)
        at
org.apache.catalina.loader.WebappClassLoader.loadClass(WebappClassLoader.java:1232)
        at java.lang.ClassLoader.loadClassInternal(ClassLoader.java:320)
        at
org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache.doDispose(IndexedDiskCache.java:920)
        at
org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache$ShutdownHook.run(IndexedDiskCache.java:1620)

apparemment peu de différence mais dans un cas Géosource fonctionne et
dans l'autre non...

bref on craque et les utilisateurs aussi et on a décider d'arrêter tout en
attendant d'avoir plus d'information sur une configuration de type serveur
qui fonctionne correctement.

dernière information pour terminer : les librairies Xalan sont nécessaires
avec Tomcat 5.5 et Java 1.5 pour que les interfaces de saisie des contacts
liés et mot-clés liés dans la fiche de MD fonctionnent correctement

merci d'avance de votre aide
I. Mallet

Benoist Fontaine <b.fontaine@anonymised.com> 30/11/09 14:06 >>>

Bonjour,

Nous sommes confronté au même problème :
plantage au redémarrage de tomcat lorsqu'un utilisateur a renseigné un
contact dans une métadonnée.

Avez-vous trouvé une solution pour contourner le problème ?
Merci d'avance,
Cordialement,
Benoist Fontaine.

Isabelle MALLET wrote:

bonjour,

merci pour vos réponses

effectivement l'index non spatial n'est pas recalculé à chaque
redémarrage
de Tomcat
par contre l'index spatial l'est (fichier
geosource\web\geonetwork\WEB-INF\lucene\spatial\spatialIndex.qix )
or les fiches de MD saisies dans nos tests sont uniquement
alphanumériques
(c'est à dire la partie visualisation géographique de notre configuration
est celle par défaut dans Géosource v2.2.1 ; on n'utilise pas les
fonctionnalités géographiques de Géosource v2.2.1)

l'opération réalisée est la suivante :
- création d'une MD à partir du modèle vue essentielle avec ajout d'un
contact lié et d'un mot-clé lié (thésaurus externe)
- publication de la MD
- consultation anonyme : ok
- arrêt du service Tomcat
- redémarrage de Tomcat
avec un profil Editor : blocage systèmatique au redémarrage de Tomcat
avec le profil admin : blocage fréquent (1 fois sur 3 environ)
- reconstruction de l'index (en passant par le serveur Jetty pour pouvoir
accéder à la fonctionnalité de reconstruction de l'index ; la
resynchronisation avec GAST ne suffit pas)
- redémarrage de Tomcat : ok

(remarque : les services Apache et Tomcat sont arrêtés toutes les nuits
pour des contraintes d'exploitation ;
néamoins meme si on n'arrêtait pas Tomcat toutes les nuits, il faudrait
quand même pouvoir le faire de temps en temps et avoir la garantie que
l'application redémarre correctement... :wink:

par ailleurs y-a-t'il des pistes sur la 2ème partie de la question :
possibilité de lancer la regénération de l'index "off line" par une
commande ou un script (qui pourrait être exécuté en mode batch avant
l'arrêt/redémarrage du service Tomcat) ?

merci d'avance
I. Mallet

Francois Prunayre < fx.prunayre@anonymised.com > 03/11/09 10:43 >>>

Bonjour,

Le 3 novembre 2009 10:26, Landry Breuil < breuil@anonymised.com > a écrit :

Isabelle MALLET wrote:

bonjour,

je reviens sur ce problème d'indexation au démarrage déjà évoquer dans
de nombreux messages sur la liste
(http://sourceforge.net/mailarchive/forum.php?thread_name=23CB51CBDF2BB7418AB6439FDE03A3B201F12221%40zephyr.agglo-rennesmetropole.fr&forum_name=geonetwork-users-fr)

sur notre serveur de dév, on a monté une configuration très proche de
celle décrite dans la documentation du Ca-SIF :
- serveurs Tomcat et Apache (mais sur Windows 2003 Server)
- Géosource 2.2.1

- base de données PostgreSQL (sur un serveur Linux séparé)

on rencontre systèmatiquement le problème de blocage du redémarrage du
service Tomcat après la saisie de fiches ayant des mots-clés et/ou
contacts liés : le blocage est lié au problème d'indexation de la
dernière fiche de métadonnées saisie
on s'en sort sans avoir besoin de supprimer la fiche, en faisant
simplement une regénération de l'index (menu Administration >
Reconstruire l'index)
mais c'est très très génant
- car il faut être logué "admin" pour faire cette opération de
réindexation et l'utilisateur qui saisit les fiches n'est pas censé à
avoir le profil "admin" et faire ce genre d'opération avant de terminer
sa session de saisie !
- car le service Tomcat est arrêté/redémarré automatiquement toutes les
nuits : donc si la réindexation n'est pas faite avant, le redemarrage
plante toutes les nuits...

Par curiosité, pourquoi redémarrer Tomcat toutes les nuits ?

ma question est donc la suivante :
1) est-il possible de désactiver l'indexation automatique au démarrage
:
demande déjà formulée plusieurs fois sur la liste et bug corrigé dans
Geonetwork 2.4.1
cette option a elle été incluse dans Géosource 2.2.1 ?
(en tout cas le bug ne semble pas corrigé dans Géosource 2.2.1...)

Le commit que vous cherchez est le suivant :
http://geonetwork.svn.sourceforge.net/viewvc/geonetwork?view=rev&revision=5229
Qui a priori est intégré dans Geosource 2.2.1. Donc l'index ne devrait
pas être reconstruit a chaque démarrage de Tomcat.

En effet, sauf si l'index est dans un statut invalide (ce qui n'est en
général pas le cas lors d'un arrêt/redémarrage).

Ce qui semble étrange est le fait de bloquer sur la dernière fiche
alors que via l'admin, l'opération semble bien se passer. Auriez-vous
des précisions sur ce point ?

Salutations.

Francois

--
Cdlt,
Landry Breuil
Administrateur de données du CRAIG

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Bonjour à tous, le problème est lié au fait que Tomcat semble ne pas
fermer certaine connection (impossible car l'application n'est pas
démarrée) alors que l'application est en cours de lancement. Un
timeout est spécifié, mais celui-ci n'est pas pris en compte (alors
qu'il l'est sous Jetty).

Une approche possible serait de vérifier si le DataManager est
initialisé et de prendre en compte son état pour l'indexation ou pas
des éléments liés.

Un patch est à l'étude pour voir si la correction n'a pas d'effet de bord.

Salutations.

Francois

Le 1 décembre 2009 09:21, Benoist Fontaine <b.fontaine@anonymised.com> a écrit :

Bonjour,

Merci de votre réponse.
Le problème semble venir du fait que lorsque l'on renseigne un mot-clé ou un
contact, une URL s'inscrit dans la métadonnée (en base).
Lorsque tomcat démarre, Géosource lance l'indexation des métadonnées. L'URL
qui est en base n'est pas encore active, ce qui explique probablement le
plantage.
Je ne vois pas bien comment résoudre ce problème, mis à part ne pas lancer
l'indexation au démarrage.
Reste à savoir à quel niveau dans le code est géré cette indexation.
Nous poursuivons les recherches ...
Cordialement,
B.Fontaine.

Isabelle MALLET wrote:

bonjour,

non on n'a pas trouvé de solution pour contourner ce problème.

le plus ennuyeux c'est qu'on est passé sur une configuration avec des
composants serveur 100% Opensource (machine Linux, serveur Tomcat , sgdb
Postgresql, Géosource 2.2.1 : le tout sur la même machine en suivant le
tutorial d'installation) en espérant que ça marcherait dans cette
configuration et qu'on rencontre toujours ce problème :
après saisie d'une fiche de MD (avec Mozilla) contenant un contact lié
(pris dans la liste de contacts fournie en exemple dans Geosource) ou un
mot-clé lié (pris dans un thesaurus externe fourni par Géosource), quand
on essaye d'arrêter Tomcat, il ne s'arrête pas correctement (le process
Java n'est pas tué) ;
lorsqu'on redémarre ensuite Tomcat, il ne démarre pas correctement et il
n'y a pas d'autres solutions que d'aller supprimer la fiche de MD dans la
base Postgre (en passant par le serveur Jetty !!!) pour que Tomcat
redémarre correctement.

le log de Tomcat lors de l'arrêt de Tomcat est le suivant :
Nov 30, 2009 4:59:14 PM org.apache.coyote.http11.Http11BaseProtocol pause
INFO: Pausing Coyote HTTP/1.1 on http-8080
Nov 30, 2009 4:59:15 PM org.apache.catalina.core.StandardService stop
INFO: Stopping service Catalina
Nov 30, 2009 4:59:17 PM com.k_int.codec.util.OIDRegConfigurator load
INFO: Unable to find codec class :
com.k_int.gen.ILL_APDU_Delivery_Info.APDU_Delivery_Info_codec
Nov 30, 2009 4:59:17 PM org.apache.coyote.http11.Http11BaseProtocol
destroy
INFO: Stopping Coyote HTTP/1.1 on http-8080
Nov 30, 2009 4:59:17 PM org.apache.catalina.core.AprLifecycleListener
lifecycleEvent
INFO: Failed shutdown of Apache Portable Runtime
Nov 30, 2009 4:59:17 PM
org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache$ShutdownHook run
WARNING: Region [xlink] Disk cache not shutdown properly, shutting down
now.
Nov 30, 2009 4:59:17 PM org.apache.catalina.loader.WebappClassLoader
loadClass
INFO: Illegal access: this web application instance has been stopped
already. Could not load org.apache.jcs.auxiliary.di
sk.indexed.IndexedDiskCache$1. The eventual following stack trace is
caused by an error thrown for debugging purposes as
well as to attempt to terminate the thread which caused the illegal
access, and has no functional impact.
java.lang.IllegalStateException
at
org.apache.catalina.loader.WebappClassLoader.loadClass(WebappClassLoader.java:1272)
at
org.apache.catalina.loader.WebappClassLoader.loadClass(WebappClassLoader.java:1232)
at java.lang.ClassLoader.loadClassInternal(ClassLoader.java:320)
at
org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache.doDispose(IndexedDiskCache.java:920)
at
org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache$ShutdownHook.run(IndexedDiskCache.java:1620)

et lors du redémarrage :
Nov 30, 2009 5:00:40 PM org.apache.catalina.core.AprLifecycleListener
lifecycleEvent
INFO: The Apache Tomcat Native library which allows optimal performance in
production environments was not found on the j
ava.library.path:
/usr/java/jdk1.5.0_22/jre/lib/amd64/server:/usr/java/jdk1.5.0_22/jre/lib/amd64:/usr/java/jdk1.5.0_22/jr
e/../lib/amd64
Nov 30, 2009 5:00:40 PM org.apache.coyote.http11.Http11BaseProtocol init
INFO: Initializing Coyote HTTP/1.1 on http-8080
Nov 30, 2009 5:00:40 PM org.apache.catalina.startup.Catalina load
INFO: Initialization processed in 1189 ms
Nov 30, 2009 5:00:41 PM org.apache.catalina.core.StandardService start
INFO: Starting service Catalina
Nov 30, 2009 5:00:41 PM org.apache.catalina.core.StandardEngine start
INFO: Starting Servlet Engine: Apache Tomcat/5.5.28
Nov 30, 2009 5:00:41 PM org.apache.catalina.core.StandardHost start
INFO: XML validation disabled
Nov 30, 2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.engine.control.CompositeCacheManager
getUnconfiguredInstance
INFO: Instance is null, creating with provided config
Nov 30, 2009 5:00:55 PM org.apache.jcs.utils.threadpool.ThreadPoolManager
loadConfig
INFO: thread_pool.default PoolConfiguration = useBoundary = [true]
boundarySize = [2000] maximumPoolSize = [150] minimumP
oolSize = [4] keepAliveTime = [300000] whenBlockedPolicy = [RUN]
startUpSize = [4]
Nov 30, 2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.engine.control.CompositeCacheConfigurator
setDefaultAuxValues
INFO: Setting default auxiliaries to
Nov 30, 2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.engine.control.CompositeCacheConfigurator
setDefaultCompositeCacheAttributes
INFO: setting defaultCompositeCacheAttributes to [ useLateral = true,
useRemote = true, useDisk = true, maxObjs = 1000, m
axSpoolPerRun = 500, diskUsagePattern = 0 ]
Nov 30, 2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.engine.control.CompositeCacheConfigurator
setDefaultElementAttributes
INFO: setting defaultElementAttributes to [ IS_LATERAL = true, IS_SPOOL =
true, IS_REMOTE = true, IS_ETERNAL = false, Max
LifeSeconds = -1, IdleTime = -1, CreateTime = 1259596855350,
LastAccessTime = 1259596855350, getTimeToLiveSeconds() = -1,
createTime = 1259596855350 ]
Nov 30, 2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.engine.control.CompositeCacheConfigurator
parseElementAttributes
INFO: No special ElementAttribute class defined for key
[jcs.region.xlink.elementattributes], using default class.
Nov 30, 2009 5:00:55 PM org.apache.jcs.engine.memory.lru.LRUMemoryCache
initialize
INFO: initialized LRUMemoryCache for xlink
Nov 30, 2009 5:00:55 PM org.apache.jcs.engine.control.CompositeCache
<init>
INFO: Constructed cache with name [xlink] and cache attributes [
useLateral = true, useRemote = true, useDisk = true, max
Objs = 10000, maxSpoolPerRun = -1, diskUsagePattern = 0 ]
Nov 30, 2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache <init>
INFO: Region [xlink] Cache file root directory: jcs_caching
Nov 30, 2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache initKeyMap
INFO: Region [xlink] Set maxKeySize to: '5000'
Nov 30, 2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache <init>
INFO: Region [xlink] Indexed Disk Cache is alive.
Nov 30, 2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.engine.control.CompositeCacheConfigurator parseRegions
INFO: Parsed regions [xlink]
Nov 30, 2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.engine.control.CompositeCacheConfigurator doConfigure
INFO: Finished configuration in 249 ms.

apparemment pas d'erreur dans le log lors du redémarrage de Tomcat,
néanmoins l'URL de Géosource ne répond pas...

après suppression de la fiche de MD, le log de Tomcat au redémarrage
(correct) de Tomcat est le suivant :
Nov 30, 2009 5:26:46 PM org.apache.catalina.core.AprLifecycleListener
lifecycleEvent
INFO: The Apache Tomcat Native library which allows optimal performance in
production environments was not found on the j
ava.library.path:
/usr/java/jdk1.5.0_22/jre/lib/amd64/server:/usr/java/jdk1.5.0_22/jre/lib/amd64:/usr/java/jdk1.5.0_22/jr
e/../lib/amd64
Nov 30, 2009 5:26:47 PM org.apache.coyote.http11.Http11BaseProtocol init
INFO: Initializing Coyote HTTP/1.1 on http-8080
Nov 30, 2009 5:26:47 PM org.apache.catalina.startup.Catalina load
INFO: Initialization processed in 1190 ms
Nov 30, 2009 5:26:47 PM org.apache.catalina.core.StandardService start
INFO: Starting service Catalina
Nov 30, 2009 5:26:47 PM org.apache.catalina.core.StandardEngine start
INFO: Starting Servlet Engine: Apache Tomcat/5.5.28
Nov 30, 2009 5:26:47 PM org.apache.catalina.core.StandardHost start
INFO: XML validation disabled
Nov 30, 2009 5:27:10 PM org.apache.coyote.http11.Http11BaseProtocol start
INFO: Starting Coyote HTTP/1.1 on http-8080
Nov 30, 2009 5:27:10 PM org.apache.jk.common.ChannelSocket init
INFO: JK: ajp13 listening on /0.0.0.0:8009
Nov 30, 2009 5:27:10 PM org.apache.jk.server.JkMain start
INFO: Jk running ID=0 time=0/49 config=null
Nov 30, 2009 5:27:10 PM org.apache.catalina.storeconfig.StoreLoader load
INFO: Find registry server-registry.xml at classpath resource
Nov 30, 2009 5:27:11 PM org.apache.catalina.startup.Catalina start
INFO: Server startup in 23922 ms

et à l'arrêt (correct) de Tomcat :
Nov 30, 2009 5:34:16 PM org.apache.coyote.http11.Http11BaseProtocol pause
INFO: Pausing Coyote HTTP/1.1 on http-8080
Nov 30, 2009 5:34:17 PM org.apache.catalina.core.StandardService stop
INFO: Stopping service Catalina
Nov 30, 2009 5:34:18 PM com.k_int.codec.util.OIDRegConfigurator load
INFO: Unable to find codec class :
com.k_int.gen.ILL_APDU_Delivery_Info.APDU_Delivery_Info_codec
Nov 30, 2009 5:34:19 PM org.apache.coyote.http11.Http11BaseProtocol
destroy
INFO: Stopping Coyote HTTP/1.1 on http-8080
Nov 30, 2009 5:34:19 PM org.apache.catalina.core.AprLifecycleListener
lifecycleEvent
INFO: Failed shutdown of Apache Portable Runtime
Nov 30, 2009 5:34:19 PM
org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache$ShutdownHook run
WARNING: Region [xlink] Disk cache not shutdown properly, shutting down
now.
Nov 30, 2009 5:34:19 PM org.apache.catalina.loader.WebappClassLoader
loadClass
INFO: Illegal access: this web application instance has been stopped
already. Could not load org.apache.jcs.auxiliary.di
sk.indexed.IndexedDiskCache$1. The eventual following stack trace is
caused by an error thrown for debugging purposes as
well as to attempt to terminate the thread which caused the illegal
access, and has no functional impact.
java.lang.IllegalStateException
at
org.apache.catalina.loader.WebappClassLoader.loadClass(WebappClassLoader.java:1272)
at
org.apache.catalina.loader.WebappClassLoader.loadClass(WebappClassLoader.java:1232)
at java.lang.ClassLoader.loadClassInternal(ClassLoader.java:320)
at
org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache.doDispose(IndexedDiskCache.java:920)
at
org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache$ShutdownHook.run(IndexedDiskCache.java:1620)

apparemment peu de différence mais dans un cas Géosource fonctionne et
dans l'autre non...

bref on craque et les utilisateurs aussi et on a décider d'arrêter tout en
attendant d'avoir plus d'information sur une configuration de type serveur
qui fonctionne correctement.

dernière information pour terminer : les librairies Xalan sont nécessaires
avec Tomcat 5.5 et Java 1.5 pour que les interfaces de saisie des contacts
liés et mot-clés liés dans la fiche de MD fonctionnent correctement

merci d'avance de votre aide
I. Mallet

Benoist Fontaine <b.fontaine@anonymised.com> 30/11/09 14:06 >>>

Bonjour,

Nous sommes confronté au même problème :
plantage au redémarrage de tomcat lorsqu'un utilisateur a renseigné un
contact dans une métadonnée.

Avez-vous trouvé une solution pour contourner le problème ?
Merci d'avance,
Cordialement,
Benoist Fontaine.

Isabelle MALLET wrote:

bonjour,

merci pour vos réponses

effectivement l'index non spatial n'est pas recalculé à chaque
redémarrage
de Tomcat
par contre l'index spatial l'est (fichier
geosource\web\geonetwork\WEB-INF\lucene\spatial\spatialIndex.qix )
or les fiches de MD saisies dans nos tests sont uniquement
alphanumériques
(c'est à dire la partie visualisation géographique de notre configuration
est celle par défaut dans Géosource v2.2.1 ; on n'utilise pas les
fonctionnalités géographiques de Géosource v2.2.1)

l'opération réalisée est la suivante :
- création d'une MD à partir du modèle vue essentielle avec ajout d'un
contact lié et d'un mot-clé lié (thésaurus externe)
- publication de la MD
- consultation anonyme : ok
- arrêt du service Tomcat
- redémarrage de Tomcat
avec un profil Editor : blocage systèmatique au redémarrage de Tomcat
avec le profil admin : blocage fréquent (1 fois sur 3 environ)
- reconstruction de l'index (en passant par le serveur Jetty pour pouvoir
accéder à la fonctionnalité de reconstruction de l'index ; la
resynchronisation avec GAST ne suffit pas)
- redémarrage de Tomcat : ok

(remarque : les services Apache et Tomcat sont arrêtés toutes les nuits
pour des contraintes d'exploitation ;
néamoins meme si on n'arrêtait pas Tomcat toutes les nuits, il faudrait
quand même pouvoir le faire de temps en temps et avoir la garantie que
l'application redémarre correctement... :wink:

par ailleurs y-a-t'il des pistes sur la 2ème partie de la question :
possibilité de lancer la regénération de l'index "off line" par une
commande ou un script (qui pourrait être exécuté en mode batch avant
l'arrêt/redémarrage du service Tomcat) ?

merci d'avance
I. Mallet

Francois Prunayre < fx.prunayre@anonymised.com > 03/11/09 10:43 >>>

Bonjour,

Le 3 novembre 2009 10:26, Landry Breuil < breuil@anonymised.com > a écrit :

Isabelle MALLET wrote:

bonjour,

je reviens sur ce problème d'indexation au démarrage déjà évoquer dans
de nombreux messages sur la liste
(http://sourceforge.net/mailarchive/forum.php?thread_name=23CB51CBDF2BB7418AB6439FDE03A3B201F12221%40zephyr.agglo-rennesmetropole.fr&forum_name=geonetwork-users-fr)

sur notre serveur de dév, on a monté une configuration très proche de
celle décrite dans la documentation du Ca-SIF :
- serveurs Tomcat et Apache (mais sur Windows 2003 Server)
- Géosource 2.2.1

- base de données PostgreSQL (sur un serveur Linux séparé)

on rencontre systèmatiquement le problème de blocage du redémarrage du
service Tomcat après la saisie de fiches ayant des mots-clés et/ou
contacts liés : le blocage est lié au problème d'indexation de la
dernière fiche de métadonnées saisie
on s'en sort sans avoir besoin de supprimer la fiche, en faisant
simplement une regénération de l'index (menu Administration >
Reconstruire l'index)
mais c'est très très génant
- car il faut être logué "admin" pour faire cette opération de
réindexation et l'utilisateur qui saisit les fiches n'est pas censé à
avoir le profil "admin" et faire ce genre d'opération avant de terminer
sa session de saisie !
- car le service Tomcat est arrêté/redémarré automatiquement toutes les
nuits : donc si la réindexation n'est pas faite avant, le redemarrage
plante toutes les nuits...

Par curiosité, pourquoi redémarrer Tomcat toutes les nuits ?

ma question est donc la suivante :
1) est-il possible de désactiver l'indexation automatique au démarrage
:
demande déjà formulée plusieurs fois sur la liste et bug corrigé dans
Geonetwork 2.4.1
cette option a elle été incluse dans Géosource 2.2.1 ?
(en tout cas le bug ne semble pas corrigé dans Géosource 2.2.1...)

Le commit que vous cherchez est le suivant :
http://geonetwork.svn.sourceforge.net/viewvc/geonetwork?view=rev&revision=5229
Qui a priori est intégré dans Geosource 2.2.1. Donc l'index ne devrait
pas être reconstruit a chaque démarrage de Tomcat.

En effet, sauf si l'index est dans un statut invalide (ce qui n'est en
général pas le cas lors d'un arrêt/redémarrage).

Ce qui semble étrange est le fait de bloquer sur la dernière fiche
alors que via l'admin, l'opération semble bien se passer. Auriez-vous
des précisions sur ce point ?

Salutations.

Francois

--
Cdlt,
Landry Breuil
Administrateur de données du CRAIG

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Bonjour à toutes et tous,

Nous pensions y échapper mais aujourd'hui nous avons planté le serveur de test où nous avons les installs de plusieurs applications. L'équipe DSI nous révèle que Geosource est à l'origine de ce problème : en ne lançant pas l'appli, tomcat redémarre sans problème.

Suite à la suppression dans la base de donnée des enregistrements de la dernière fiche créée hier, il a été possible de relancer le serveur (vos retours nous ont permis de trouver cette solution - merci !).

Cependant, nous nous posons plusieurs questions.
- nous avons déjà crée des fiches sans que cela mettre en vrac le serveur.
- nous avons déjà lié des contacts et des mots clés sans problème.

La fiche incriminée créée hier était destinée à devenir l'une de nos deux fiches modèle. Je suis donc cette fois partie du "modèle pour la saisie en vue essentielle - profil France". Or auparavent nous n'avions utilisé que les modèles "données vecteur" pour tester l'application.

Peut-il y avoir une incidence en faisant ce choix à la création d'une fiche ?
Nous allons essayer de saisir des fiches classiques à dupliquer plutôt qu'un modèle. A voir si cela solutionne ce problème TRES CONTRAIGNANT pour démarrer de nouveau le projet de saisie de nos fiches. Des questions restent en suspens notamment pour les éditeurs, que j'ai du passer en profil "administrateurs d'utilisateurs" afin de pouvoir créer des fiches "enfants" à partir de fiches "parent". Au-delà de ces droits, pourront-ils lier les contacts et thesaurus sans planter le serveur ?

A bientôt.
Cordialement,

Garance SALVAT
DSI/Direction des Informations Géographiques
Service Géomatique
Tél. : 02 40 99 93 26 / Fax : 02 40 99 93 14
mail : garance.salvat@anonymised.com

-----Message d'origine-----
De : Francois Prunayre [mailto:fx.prunayre@anonymised.com]
Envoyé : mardi 1 décembre 2009 11:57
À : imallet@anonymised.com
Cc : geonetwork-users-fr@lists.sourceforge.net
Objet : Re: [GeoNetwork-users-fr]Rép. : Re: Blocage de l'indexation au démarrage (encore...)

Bonjour à tous, le problème est lié au fait que Tomcat semble ne pas fermer certaine connection (impossible car l'application n'est pas
démarrée) alors que l'application est en cours de lancement. Un timeout est spécifié, mais celui-ci n'est pas pris en compte (alors qu'il l'est sous Jetty).

Une approche possible serait de vérifier si le DataManager est initialisé et de prendre en compte son état pour l'indexation ou pas des éléments liés.

Un patch est à l'étude pour voir si la correction n'a pas d'effet de bord.

Salutations.

Francois

Le 1 décembre 2009 09:21, Benoist Fontaine <b.fontaine@anonymised.com> a écrit :

Bonjour,

Merci de votre réponse.
Le problème semble venir du fait que lorsque l'on renseigne un mot-clé
ou un contact, une URL s'inscrit dans la métadonnée (en base).
Lorsque tomcat démarre, Géosource lance l'indexation des métadonnées.
L'URL qui est en base n'est pas encore active, ce qui explique
probablement le plantage.
Je ne vois pas bien comment résoudre ce problème, mis à part ne pas
lancer l'indexation au démarrage.
Reste à savoir à quel niveau dans le code est géré cette indexation.
Nous poursuivons les recherches ...
Cordialement,
B.Fontaine.

Isabelle MALLET wrote:

bonjour,

non on n'a pas trouvé de solution pour contourner ce problème.

le plus ennuyeux c'est qu'on est passé sur une configuration avec des
composants serveur 100% Opensource (machine Linux, serveur Tomcat ,
sgdb Postgresql, Géosource 2.2.1 : le tout sur la même machine en
suivant le tutorial d'installation) en espérant que ça marcherait
dans cette configuration et qu'on rencontre toujours ce problème :
après saisie d'une fiche de MD (avec Mozilla) contenant un contact
lié (pris dans la liste de contacts fournie en exemple dans
Geosource) ou un mot-clé lié (pris dans un thesaurus externe fourni
par Géosource), quand on essaye d'arrêter Tomcat, il ne s'arrête pas
correctement (le process Java n'est pas tué) ; lorsqu'on redémarre
ensuite Tomcat, il ne démarre pas correctement et il n'y a pas
d'autres solutions que d'aller supprimer la fiche de MD dans la base
Postgre (en passant par le serveur Jetty !!!) pour que Tomcat
redémarre correctement.

le log de Tomcat lors de l'arrêt de Tomcat est le suivant :
Nov 30, 2009 4:59:14 PM org.apache.coyote.http11.Http11BaseProtocol
pause
INFO: Pausing Coyote HTTP/1.1 on http-8080 Nov 30, 2009 4:59:15 PM
org.apache.catalina.core.StandardService stop
INFO: Stopping service Catalina
Nov 30, 2009 4:59:17 PM com.k_int.codec.util.OIDRegConfigurator load
INFO: Unable to find codec class :
com.k_int.gen.ILL_APDU_Delivery_Info.APDU_Delivery_Info_codec
Nov 30, 2009 4:59:17 PM org.apache.coyote.http11.Http11BaseProtocol
destroy
INFO: Stopping Coyote HTTP/1.1 on http-8080 Nov 30, 2009 4:59:17 PM
org.apache.catalina.core.AprLifecycleListener
lifecycleEvent
INFO: Failed shutdown of Apache Portable Runtime Nov 30, 2009 4:59:17
PM
org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache$ShutdownHook
run
WARNING: Region [xlink] Disk cache not shutdown properly, shutting
down now.
Nov 30, 2009 4:59:17 PM org.apache.catalina.loader.WebappClassLoader
loadClass
INFO: Illegal access: this web application instance has been stopped
already. Could not load org.apache.jcs.auxiliary.di
sk.indexed.IndexedDiskCache$1. The eventual following stack trace is
caused by an error thrown for debugging purposes as
well as to attempt to terminate the thread which caused the illegal
access, and has no functional impact.
java.lang.IllegalStateException
at
org.apache.catalina.loader.WebappClassLoader.loadClass(WebappClassLoa
der.java:1272)
at
org.apache.catalina.loader.WebappClassLoader.loadClass(WebappClassLoa
der.java:1232)
at
java.lang.ClassLoader.loadClassInternal(ClassLoader.java:320)
at
org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache.doDispose(Inde
xedDiskCache.java:920)
at
org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache$ShutdownHook.r
un(IndexedDiskCache.java:1620)

et lors du redémarrage :
Nov 30, 2009 5:00:40 PM org.apache.catalina.core.AprLifecycleListener
lifecycleEvent
INFO: The Apache Tomcat Native library which allows optimal
performance in production environments was not found on the j
ava.library.path:
/usr/java/jdk1.5.0_22/jre/lib/amd64/server:/usr/java/jdk1.5.0_22/jre/
lib/amd64:/usr/java/jdk1.5.0_22/jr
e/../lib/amd64
Nov 30, 2009 5:00:40 PM org.apache.coyote.http11.Http11BaseProtocol
init
INFO: Initializing Coyote HTTP/1.1 on http-8080 Nov 30, 2009 5:00:40
PM org.apache.catalina.startup.Catalina load
INFO: Initialization processed in 1189 ms Nov 30, 2009 5:00:41 PM
org.apache.catalina.core.StandardService start
INFO: Starting service Catalina
Nov 30, 2009 5:00:41 PM org.apache.catalina.core.StandardEngine start
INFO: Starting Servlet Engine: Apache Tomcat/5.5.28 Nov 30, 2009
5:00:41 PM org.apache.catalina.core.StandardHost start
INFO: XML validation disabled
Nov 30, 2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.engine.control.CompositeCacheManager
getUnconfiguredInstance
INFO: Instance is null, creating with provided config Nov 30, 2009
5:00:55 PM org.apache.jcs.utils.threadpool.ThreadPoolManager
loadConfig
INFO: thread_pool.default PoolConfiguration = useBoundary = [true]
boundarySize = [2000] maximumPoolSize = [150] minimumP oolSize = [4]
keepAliveTime = [300000] whenBlockedPolicy = [RUN] startUpSize = [4]
Nov 30, 2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.engine.control.CompositeCacheConfigurator
setDefaultAuxValues
INFO: Setting default auxiliaries to
Nov 30, 2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.engine.control.CompositeCacheConfigurator
setDefaultCompositeCacheAttributes
INFO: setting defaultCompositeCacheAttributes to [ useLateral = true,
useRemote = true, useDisk = true, maxObjs = 1000, m axSpoolPerRun =
500, diskUsagePattern = 0 ] Nov 30, 2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.engine.control.CompositeCacheConfigurator
setDefaultElementAttributes
INFO: setting defaultElementAttributes to [ IS_LATERAL = true,
IS_SPOOL = true, IS_REMOTE = true, IS_ETERNAL = false, Max
LifeSeconds = -1, IdleTime = -1, CreateTime = 1259596855350,
LastAccessTime = 1259596855350, getTimeToLiveSeconds() = -1,
createTime = 1259596855350 ]
Nov 30, 2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.engine.control.CompositeCacheConfigurator
parseElementAttributes
INFO: No special ElementAttribute class defined for key
[jcs.region.xlink.elementattributes], using default class.
Nov 30, 2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.engine.memory.lru.LRUMemoryCache
initialize
INFO: initialized LRUMemoryCache for xlink Nov 30, 2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.engine.control.CompositeCache
<init>
INFO: Constructed cache with name [xlink] and cache attributes [
useLateral = true, useRemote = true, useDisk = true, max Objs =
10000, maxSpoolPerRun = -1, diskUsagePattern = 0 ] Nov 30, 2009
5:00:55 PM org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache
<init>
INFO: Region [xlink] Cache file root directory: jcs_caching Nov 30,
2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache initKeyMap
INFO: Region [xlink] Set maxKeySize to: '5000'
Nov 30, 2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache <init>
INFO: Region [xlink] Indexed Disk Cache is alive.
Nov 30, 2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.engine.control.CompositeCacheConfigurator parseRegions
INFO: Parsed regions [xlink]
Nov 30, 2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.engine.control.CompositeCacheConfigurator doConfigure
INFO: Finished configuration in 249 ms.

apparemment pas d'erreur dans le log lors du redémarrage de Tomcat,
néanmoins l'URL de Géosource ne répond pas...

après suppression de la fiche de MD, le log de Tomcat au redémarrage
(correct) de Tomcat est le suivant :
Nov 30, 2009 5:26:46 PM org.apache.catalina.core.AprLifecycleListener
lifecycleEvent
INFO: The Apache Tomcat Native library which allows optimal
performance in production environments was not found on the j
ava.library.path:
/usr/java/jdk1.5.0_22/jre/lib/amd64/server:/usr/java/jdk1.5.0_22/jre/
lib/amd64:/usr/java/jdk1.5.0_22/jr
e/../lib/amd64
Nov 30, 2009 5:26:47 PM org.apache.coyote.http11.Http11BaseProtocol
init
INFO: Initializing Coyote HTTP/1.1 on http-8080 Nov 30, 2009 5:26:47
PM org.apache.catalina.startup.Catalina load
INFO: Initialization processed in 1190 ms Nov 30, 2009 5:26:47 PM
org.apache.catalina.core.StandardService start
INFO: Starting service Catalina
Nov 30, 2009 5:26:47 PM org.apache.catalina.core.StandardEngine start
INFO: Starting Servlet Engine: Apache Tomcat/5.5.28 Nov 30, 2009
5:26:47 PM org.apache.catalina.core.StandardHost start
INFO: XML validation disabled
Nov 30, 2009 5:27:10 PM org.apache.coyote.http11.Http11BaseProtocol
start
INFO: Starting Coyote HTTP/1.1 on http-8080 Nov 30, 2009 5:27:10 PM
org.apache.jk.common.ChannelSocket init
INFO: JK: ajp13 listening on /0.0.0.0:8009 Nov 30, 2009 5:27:10 PM
org.apache.jk.server.JkMain start
INFO: Jk running ID=0 time=0/49 config=null Nov 30, 2009 5:27:10 PM
org.apache.catalina.storeconfig.StoreLoader load
INFO: Find registry server-registry.xml at classpath resource Nov 30,
2009 5:27:11 PM org.apache.catalina.startup.Catalina start
INFO: Server startup in 23922 ms

et à l'arrêt (correct) de Tomcat :
Nov 30, 2009 5:34:16 PM org.apache.coyote.http11.Http11BaseProtocol
pause
INFO: Pausing Coyote HTTP/1.1 on http-8080 Nov 30, 2009 5:34:17 PM
org.apache.catalina.core.StandardService stop
INFO: Stopping service Catalina
Nov 30, 2009 5:34:18 PM com.k_int.codec.util.OIDRegConfigurator load
INFO: Unable to find codec class :
com.k_int.gen.ILL_APDU_Delivery_Info.APDU_Delivery_Info_codec
Nov 30, 2009 5:34:19 PM org.apache.coyote.http11.Http11BaseProtocol
destroy
INFO: Stopping Coyote HTTP/1.1 on http-8080 Nov 30, 2009 5:34:19 PM
org.apache.catalina.core.AprLifecycleListener
lifecycleEvent
INFO: Failed shutdown of Apache Portable Runtime Nov 30, 2009 5:34:19
PM
org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache$ShutdownHook
run
WARNING: Region [xlink] Disk cache not shutdown properly, shutting
down now.
Nov 30, 2009 5:34:19 PM org.apache.catalina.loader.WebappClassLoader
loadClass
INFO: Illegal access: this web application instance has been stopped
already. Could not load org.apache.jcs.auxiliary.di
sk.indexed.IndexedDiskCache$1. The eventual following stack trace is
caused by an error thrown for debugging purposes as
well as to attempt to terminate the thread which caused the illegal
access, and has no functional impact.
java.lang.IllegalStateException
at
org.apache.catalina.loader.WebappClassLoader.loadClass(WebappClassLoa
der.java:1272)
at
org.apache.catalina.loader.WebappClassLoader.loadClass(WebappClassLoa
der.java:1232)
at
java.lang.ClassLoader.loadClassInternal(ClassLoader.java:320)
at
org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache.doDispose(Inde
xedDiskCache.java:920)
at
org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache$ShutdownHook.r
un(IndexedDiskCache.java:1620)

apparemment peu de différence mais dans un cas Géosource fonctionne
et dans l'autre non...

bref on craque et les utilisateurs aussi et on a décider d'arrêter
tout en attendant d'avoir plus d'information sur une configuration de
type serveur qui fonctionne correctement.

dernière information pour terminer : les librairies Xalan sont
nécessaires avec Tomcat 5.5 et Java 1.5 pour que les interfaces de
saisie des contacts liés et mot-clés liés dans la fiche de MD
fonctionnent correctement

merci d'avance de votre aide
I. Mallet

Benoist Fontaine <b.fontaine@anonymised.com> 30/11/09 14:06 >>>

Bonjour,

Nous sommes confronté au même problème :
plantage au redémarrage de tomcat lorsqu'un utilisateur a renseigné
un contact dans une métadonnée.

Avez-vous trouvé une solution pour contourner le problème ?
Merci d'avance,
Cordialement,
Benoist Fontaine.

Isabelle MALLET wrote:

bonjour,

merci pour vos réponses

effectivement l'index non spatial n'est pas recalculé à chaque
redémarrage de Tomcat par contre l'index spatial l'est (fichier
geosource\web\geonetwork\WEB-INF\lucene\spatial\spatialIndex.qix )
or les fiches de MD saisies dans nos tests sont uniquement
alphanumériques (c'est à dire la partie visualisation géographique
de notre configuration est celle par défaut dans Géosource v2.2.1 ;
on n'utilise pas les fonctionnalités géographiques de Géosource
v2.2.1)

l'opération réalisée est la suivante :
- création d'une MD à partir du modèle vue essentielle avec ajout
d'un contact lié et d'un mot-clé lié (thésaurus externe)
- publication de la MD
- consultation anonyme : ok
- arrêt du service Tomcat
- redémarrage de Tomcat
avec un profil Editor : blocage systèmatique au redémarrage de
Tomcat avec le profil admin : blocage fréquent (1 fois sur 3
environ)
- reconstruction de l'index (en passant par le serveur Jetty pour
pouvoir accéder à la fonctionnalité de reconstruction de l'index ;
la resynchronisation avec GAST ne suffit pas)
- redémarrage de Tomcat : ok

(remarque : les services Apache et Tomcat sont arrêtés toutes les
nuits pour des contraintes d'exploitation ; néamoins meme si on
n'arrêtait pas Tomcat toutes les nuits, il faudrait quand même
pouvoir le faire de temps en temps et avoir la garantie que
l'application redémarre correctement... :wink:

par ailleurs y-a-t'il des pistes sur la 2ème partie de la question :
possibilité de lancer la regénération de l'index "off line" par une
commande ou un script (qui pourrait être exécuté en mode batch avant
l'arrêt/redémarrage du service Tomcat) ?

merci d'avance
I. Mallet

Francois Prunayre < fx.prunayre@anonymised.com > 03/11/09 10:43 >>>

Bonjour,

Le 3 novembre 2009 10:26, Landry Breuil < breuil@anonymised.com > a écrit :

Isabelle MALLET wrote:

bonjour,

je reviens sur ce problème d'indexation au démarrage déjà évoquer
dans de nombreux messages sur la liste
(http://sourceforge.net/mailarchive/forum.php?thread_name=23CB51CB
DF2BB7418AB6439FDE03A3B201F12221%40zephyr.agglo-rennesmetropole.fr
&forum_name=geonetwork-users-fr)

sur notre serveur de dév, on a monté une configuration très proche
de celle décrite dans la documentation du Ca-SIF :
- serveurs Tomcat et Apache (mais sur Windows 2003 Server)
- Géosource 2.2.1

- base de données PostgreSQL (sur un serveur Linux séparé)

on rencontre systèmatiquement le problème de blocage du
redémarrage du service Tomcat après la saisie de fiches ayant des
mots-clés et/ou contacts liés : le blocage est lié au problème
d'indexation de la dernière fiche de métadonnées saisie on s'en
sort sans avoir besoin de supprimer la fiche, en faisant
simplement une regénération de l'index (menu Administration >
Reconstruire l'index) mais c'est très très génant
- car il faut être logué "admin" pour faire cette opération de
réindexation et l'utilisateur qui saisit les fiches n'est pas
censé à avoir le profil "admin" et faire ce genre d'opération
avant de terminer sa session de saisie !
- car le service Tomcat est arrêté/redémarré automatiquement
toutes les nuits : donc si la réindexation n'est pas faite avant,
le redemarrage plante toutes les nuits...

Par curiosité, pourquoi redémarrer Tomcat toutes les nuits ?

ma question est donc la suivante :
1) est-il possible de désactiver l'indexation automatique au
démarrage
:
demande déjà formulée plusieurs fois sur la liste et bug corrigé
dans Geonetwork 2.4.1 cette option a elle été incluse dans
Géosource 2.2.1 ?
(en tout cas le bug ne semble pas corrigé dans Géosource 2.2.1...)

Le commit que vous cherchez est le suivant :
http://geonetwork.svn.sourceforge.net/viewvc/geonetwork?view=rev&re
vision=5229 Qui a priori est intégré dans Geosource 2.2.1. Donc
l'index ne devrait pas être reconstruit a chaque démarrage de
Tomcat.

En effet, sauf si l'index est dans un statut invalide (ce qui n'est
en général pas le cas lors d'un arrêt/redémarrage).

Ce qui semble étrange est le fait de bloquer sur la dernière fiche
alors que via l'admin, l'opération semble bien se passer.
Auriez-vous des précisions sur ce point ?

Salutations.

Francois

--
Cdlt,
Landry Breuil
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Bonjour, dans l'attente d'un patch directement téléchargeable, vous
pouvez appliquer la procédure suivante (sous linux) pour corriger le
problème.
Merci à Isabelle Mallet et Réjane Arpin pour la description du
problème et les tests complémentaires.

Testé avec Tomcat 5.5.28 et 6.0.20.

Démarche :
1. Compilation depuis le source dans un répertoire temporaire
(http://trac.osgeo.org/geonetwork/wiki/Fr_HowToCompileFromSource)

cd /tmp
mkdir geosource
cd geosource
svn co https://geonetwork.svn.sourceforge.net/svnroot/geonetwork/sandbox/GeoSource/
.
cd Jeeves
ant
cd ../GeoNetwork
ant

2. Backup & copie de la librairie
cp CHEMIN_DE_VOTRE_INSTALLATION/web/geonetwork/WEB-INF/lib/geonetwork.jar
CHEMIN_DE_VOTRE_INSTALLATION/web/geonetwork/WEB-INF/lib/geonetwork.jar.backup
cp web/geonetwork/WEB-INF/lib/geonetwork.jar
CHEMIN_DE_VOTRE_INSTALLATION/web/geonetwork/WEB-INF/lib/.

3. Relancer l'application.

Salutations.

Francois Prunayre

Le 8 décembre 2009 16:54, SALVAT Garance
<Garance.SALVAT@anonymised.com> a écrit :

Bonjour à toutes et tous,

Nous pensions y échapper mais aujourd'hui nous avons planté le serveur de test où nous avons les installs de plusieurs applications. L'équipe DSI nous révèle que Geosource est à l'origine de ce problème : en ne lançant pas l'appli, tomcat redémarre sans problème.

Suite à la suppression dans la base de donnée des enregistrements de la dernière fiche créée hier, il a été possible de relancer le serveur (vos retours nous ont permis de trouver cette solution - merci !).

Cependant, nous nous posons plusieurs questions.
- nous avons déjà crée des fiches sans que cela mettre en vrac le serveur.
- nous avons déjà lié des contacts et des mots clés sans problème.

La fiche incriminée créée hier était destinée à devenir l'une de nos deux fiches modèle. Je suis donc cette fois partie du "modèle pour la saisie en vue essentielle - profil France". Or auparavent nous n'avions utilisé que les modèles "données vecteur" pour tester l'application.

Peut-il y avoir une incidence en faisant ce choix à la création d'une fiche ?
Nous allons essayer de saisir des fiches classiques à dupliquer plutôt qu'un modèle. A voir si cela solutionne ce problème TRES CONTRAIGNANT pour démarrer de nouveau le projet de saisie de nos fiches. Des questions restent en suspens notamment pour les éditeurs, que j'ai du passer en profil "administrateurs d'utilisateurs" afin de pouvoir créer des fiches "enfants" à partir de fiches "parent". Au-delà de ces droits, pourront-ils lier les contacts et thesaurus sans planter le serveur ?

A bientôt.
Cordialement,

Garance SALVAT
DSI/Direction des Informations Géographiques
Service Géomatique
Tél. : 02 40 99 93 26 / Fax : 02 40 99 93 14
mail : garance.salvat@anonymised.com

-----Message d'origine-----
De : Francois Prunayre [mailto:fx.prunayre@anonymised.com]
Envoyé : mardi 1 décembre 2009 11:57
À : imallet@anonymised.com
Cc : geonetwork-users-fr@lists.sourceforge.net
Objet : Re: [GeoNetwork-users-fr]Rép. : Re: Blocage de l'indexation au démarrage (encore...)

Bonjour à tous, le problème est lié au fait que Tomcat semble ne pas fermer certaine connection (impossible car l'application n'est pas
démarrée) alors que l'application est en cours de lancement. Un timeout est spécifié, mais celui-ci n'est pas pris en compte (alors qu'il l'est sous Jetty).

Une approche possible serait de vérifier si le DataManager est initialisé et de prendre en compte son état pour l'indexation ou pas des éléments liés.

Un patch est à l'étude pour voir si la correction n'a pas d'effet de bord.

Salutations.

Francois

Le 1 décembre 2009 09:21, Benoist Fontaine <b.fontaine@anonymised.com> a écrit :

Bonjour,

Merci de votre réponse.
Le problème semble venir du fait que lorsque l'on renseigne un mot-clé
ou un contact, une URL s'inscrit dans la métadonnée (en base).
Lorsque tomcat démarre, Géosource lance l'indexation des métadonnées.
L'URL qui est en base n'est pas encore active, ce qui explique
probablement le plantage.
Je ne vois pas bien comment résoudre ce problème, mis à part ne pas
lancer l'indexation au démarrage.
Reste à savoir à quel niveau dans le code est géré cette indexation.
Nous poursuivons les recherches ...
Cordialement,
B.Fontaine.

Isabelle MALLET wrote:

bonjour,

non on n'a pas trouvé de solution pour contourner ce problème.

le plus ennuyeux c'est qu'on est passé sur une configuration avec des
composants serveur 100% Opensource (machine Linux, serveur Tomcat ,
sgdb Postgresql, Géosource 2.2.1 : le tout sur la même machine en
suivant le tutorial d'installation) en espérant que ça marcherait
dans cette configuration et qu'on rencontre toujours ce problème :
après saisie d'une fiche de MD (avec Mozilla) contenant un contact
lié (pris dans la liste de contacts fournie en exemple dans
Geosource) ou un mot-clé lié (pris dans un thesaurus externe fourni
par Géosource), quand on essaye d'arrêter Tomcat, il ne s'arrête pas
correctement (le process Java n'est pas tué) ; lorsqu'on redémarre
ensuite Tomcat, il ne démarre pas correctement et il n'y a pas
d'autres solutions que d'aller supprimer la fiche de MD dans la base
Postgre (en passant par le serveur Jetty !!!) pour que Tomcat
redémarre correctement.

le log de Tomcat lors de l'arrêt de Tomcat est le suivant :
Nov 30, 2009 4:59:14 PM org.apache.coyote.http11.Http11BaseProtocol
pause
INFO: Pausing Coyote HTTP/1.1 on http-8080 Nov 30, 2009 4:59:15 PM
org.apache.catalina.core.StandardService stop
INFO: Stopping service Catalina
Nov 30, 2009 4:59:17 PM com.k_int.codec.util.OIDRegConfigurator load
INFO: Unable to find codec class :
com.k_int.gen.ILL_APDU_Delivery_Info.APDU_Delivery_Info_codec
Nov 30, 2009 4:59:17 PM org.apache.coyote.http11.Http11BaseProtocol
destroy
INFO: Stopping Coyote HTTP/1.1 on http-8080 Nov 30, 2009 4:59:17 PM
org.apache.catalina.core.AprLifecycleListener
lifecycleEvent
INFO: Failed shutdown of Apache Portable Runtime Nov 30, 2009 4:59:17
PM
org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache$ShutdownHook
run
WARNING: Region [xlink] Disk cache not shutdown properly, shutting
down now.
Nov 30, 2009 4:59:17 PM org.apache.catalina.loader.WebappClassLoader
loadClass
INFO: Illegal access: this web application instance has been stopped
already. Could not load org.apache.jcs.auxiliary.di
sk.indexed.IndexedDiskCache$1. The eventual following stack trace is
caused by an error thrown for debugging purposes as
well as to attempt to terminate the thread which caused the illegal
access, and has no functional impact.
java.lang.IllegalStateException
at
org.apache.catalina.loader.WebappClassLoader.loadClass(WebappClassLoa
der.java:1272)
at
org.apache.catalina.loader.WebappClassLoader.loadClass(WebappClassLoa
der.java:1232)
at
java.lang.ClassLoader.loadClassInternal(ClassLoader.java:320)
at
org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache.doDispose(Inde
xedDiskCache.java:920)
at
org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache$ShutdownHook.r
un(IndexedDiskCache.java:1620)

et lors du redémarrage :
Nov 30, 2009 5:00:40 PM org.apache.catalina.core.AprLifecycleListener
lifecycleEvent
INFO: The Apache Tomcat Native library which allows optimal
performance in production environments was not found on the j
ava.library.path:
/usr/java/jdk1.5.0_22/jre/lib/amd64/server:/usr/java/jdk1.5.0_22/jre/
lib/amd64:/usr/java/jdk1.5.0_22/jr
e/../lib/amd64
Nov 30, 2009 5:00:40 PM org.apache.coyote.http11.Http11BaseProtocol
init
INFO: Initializing Coyote HTTP/1.1 on http-8080 Nov 30, 2009 5:00:40
PM org.apache.catalina.startup.Catalina load
INFO: Initialization processed in 1189 ms Nov 30, 2009 5:00:41 PM
org.apache.catalina.core.StandardService start
INFO: Starting service Catalina
Nov 30, 2009 5:00:41 PM org.apache.catalina.core.StandardEngine start
INFO: Starting Servlet Engine: Apache Tomcat/5.5.28 Nov 30, 2009
5:00:41 PM org.apache.catalina.core.StandardHost start
INFO: XML validation disabled
Nov 30, 2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.engine.control.CompositeCacheManager
getUnconfiguredInstance
INFO: Instance is null, creating with provided config Nov 30, 2009
5:00:55 PM org.apache.jcs.utils.threadpool.ThreadPoolManager
loadConfig
INFO: thread_pool.default PoolConfiguration = useBoundary = [true]
boundarySize = [2000] maximumPoolSize = [150] minimumP oolSize = [4]
keepAliveTime = [300000] whenBlockedPolicy = [RUN] startUpSize = [4]
Nov 30, 2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.engine.control.CompositeCacheConfigurator
setDefaultAuxValues
INFO: Setting default auxiliaries to
Nov 30, 2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.engine.control.CompositeCacheConfigurator
setDefaultCompositeCacheAttributes
INFO: setting defaultCompositeCacheAttributes to [ useLateral = true,
useRemote = true, useDisk = true, maxObjs = 1000, m axSpoolPerRun =
500, diskUsagePattern = 0 ] Nov 30, 2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.engine.control.CompositeCacheConfigurator
setDefaultElementAttributes
INFO: setting defaultElementAttributes to [ IS_LATERAL = true,
IS_SPOOL = true, IS_REMOTE = true, IS_ETERNAL = false, Max
LifeSeconds = -1, IdleTime = -1, CreateTime = 1259596855350,
LastAccessTime = 1259596855350, getTimeToLiveSeconds() = -1,
createTime = 1259596855350 ]
Nov 30, 2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.engine.control.CompositeCacheConfigurator
parseElementAttributes
INFO: No special ElementAttribute class defined for key
[jcs.region.xlink.elementattributes], using default class.
Nov 30, 2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.engine.memory.lru.LRUMemoryCache
initialize
INFO: initialized LRUMemoryCache for xlink Nov 30, 2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.engine.control.CompositeCache
<init>
INFO: Constructed cache with name [xlink] and cache attributes [
useLateral = true, useRemote = true, useDisk = true, max Objs =
10000, maxSpoolPerRun = -1, diskUsagePattern = 0 ] Nov 30, 2009
5:00:55 PM org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache
<init>
INFO: Region [xlink] Cache file root directory: jcs_caching Nov 30,
2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache initKeyMap
INFO: Region [xlink] Set maxKeySize to: '5000'
Nov 30, 2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache <init>
INFO: Region [xlink] Indexed Disk Cache is alive.
Nov 30, 2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.engine.control.CompositeCacheConfigurator parseRegions
INFO: Parsed regions [xlink]
Nov 30, 2009 5:00:55 PM
org.apache.jcs.engine.control.CompositeCacheConfigurator doConfigure
INFO: Finished configuration in 249 ms.

apparemment pas d'erreur dans le log lors du redémarrage de Tomcat,
néanmoins l'URL de Géosource ne répond pas...

après suppression de la fiche de MD, le log de Tomcat au redémarrage
(correct) de Tomcat est le suivant :
Nov 30, 2009 5:26:46 PM org.apache.catalina.core.AprLifecycleListener
lifecycleEvent
INFO: The Apache Tomcat Native library which allows optimal
performance in production environments was not found on the j
ava.library.path:
/usr/java/jdk1.5.0_22/jre/lib/amd64/server:/usr/java/jdk1.5.0_22/jre/
lib/amd64:/usr/java/jdk1.5.0_22/jr
e/../lib/amd64
Nov 30, 2009 5:26:47 PM org.apache.coyote.http11.Http11BaseProtocol
init
INFO: Initializing Coyote HTTP/1.1 on http-8080 Nov 30, 2009 5:26:47
PM org.apache.catalina.startup.Catalina load
INFO: Initialization processed in 1190 ms Nov 30, 2009 5:26:47 PM
org.apache.catalina.core.StandardService start
INFO: Starting service Catalina
Nov 30, 2009 5:26:47 PM org.apache.catalina.core.StandardEngine start
INFO: Starting Servlet Engine: Apache Tomcat/5.5.28 Nov 30, 2009
5:26:47 PM org.apache.catalina.core.StandardHost start
INFO: XML validation disabled
Nov 30, 2009 5:27:10 PM org.apache.coyote.http11.Http11BaseProtocol
start
INFO: Starting Coyote HTTP/1.1 on http-8080 Nov 30, 2009 5:27:10 PM
org.apache.jk.common.ChannelSocket init
INFO: JK: ajp13 listening on /0.0.0.0:8009 Nov 30, 2009 5:27:10 PM
org.apache.jk.server.JkMain start
INFO: Jk running ID=0 time=0/49 config=null Nov 30, 2009 5:27:10 PM
org.apache.catalina.storeconfig.StoreLoader load
INFO: Find registry server-registry.xml at classpath resource Nov 30,
2009 5:27:11 PM org.apache.catalina.startup.Catalina start
INFO: Server startup in 23922 ms

et à l'arrêt (correct) de Tomcat :
Nov 30, 2009 5:34:16 PM org.apache.coyote.http11.Http11BaseProtocol
pause
INFO: Pausing Coyote HTTP/1.1 on http-8080 Nov 30, 2009 5:34:17 PM
org.apache.catalina.core.StandardService stop
INFO: Stopping service Catalina
Nov 30, 2009 5:34:18 PM com.k_int.codec.util.OIDRegConfigurator load
INFO: Unable to find codec class :
com.k_int.gen.ILL_APDU_Delivery_Info.APDU_Delivery_Info_codec
Nov 30, 2009 5:34:19 PM org.apache.coyote.http11.Http11BaseProtocol
destroy
INFO: Stopping Coyote HTTP/1.1 on http-8080 Nov 30, 2009 5:34:19 PM
org.apache.catalina.core.AprLifecycleListener
lifecycleEvent
INFO: Failed shutdown of Apache Portable Runtime Nov 30, 2009 5:34:19
PM
org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache$ShutdownHook
run
WARNING: Region [xlink] Disk cache not shutdown properly, shutting
down now.
Nov 30, 2009 5:34:19 PM org.apache.catalina.loader.WebappClassLoader
loadClass
INFO: Illegal access: this web application instance has been stopped
already. Could not load org.apache.jcs.auxiliary.di
sk.indexed.IndexedDiskCache$1. The eventual following stack trace is
caused by an error thrown for debugging purposes as
well as to attempt to terminate the thread which caused the illegal
access, and has no functional impact.
java.lang.IllegalStateException
at
org.apache.catalina.loader.WebappClassLoader.loadClass(WebappClassLoa
der.java:1272)
at
org.apache.catalina.loader.WebappClassLoader.loadClass(WebappClassLoa
der.java:1232)
at
java.lang.ClassLoader.loadClassInternal(ClassLoader.java:320)
at
org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache.doDispose(Inde
xedDiskCache.java:920)
at
org.apache.jcs.auxiliary.disk.indexed.IndexedDiskCache$ShutdownHook.r
un(IndexedDiskCache.java:1620)

apparemment peu de différence mais dans un cas Géosource fonctionne
et dans l'autre non...

bref on craque et les utilisateurs aussi et on a décider d'arrêter
tout en attendant d'avoir plus d'information sur une configuration de
type serveur qui fonctionne correctement.

dernière information pour terminer : les librairies Xalan sont
nécessaires avec Tomcat 5.5 et Java 1.5 pour que les interfaces de
saisie des contacts liés et mot-clés liés dans la fiche de MD
fonctionnent correctement

merci d'avance de votre aide
I. Mallet

Benoist Fontaine <b.fontaine@anonymised.com> 30/11/09 14:06 >>>

Bonjour,

Nous sommes confronté au même problème :
plantage au redémarrage de tomcat lorsqu'un utilisateur a renseigné
un contact dans une métadonnée.

Avez-vous trouvé une solution pour contourner le problème ?
Merci d'avance,
Cordialement,
Benoist Fontaine.

Isabelle MALLET wrote:

bonjour,

merci pour vos réponses

effectivement l'index non spatial n'est pas recalculé à chaque
redémarrage de Tomcat par contre l'index spatial l'est (fichier
geosource\web\geonetwork\WEB-INF\lucene\spatial\spatialIndex.qix )
or les fiches de MD saisies dans nos tests sont uniquement
alphanumériques (c'est à dire la partie visualisation géographique
de notre configuration est celle par défaut dans Géosource v2.2.1 ;
on n'utilise pas les fonctionnalités géographiques de Géosource
v2.2.1)

l'opération réalisée est la suivante :
- création d'une MD à partir du modèle vue essentielle avec ajout
d'un contact lié et d'un mot-clé lié (thésaurus externe)
- publication de la MD
- consultation anonyme : ok
- arrêt du service Tomcat
- redémarrage de Tomcat
avec un profil Editor : blocage systèmatique au redémarrage de
Tomcat avec le profil admin : blocage fréquent (1 fois sur 3
environ)
- reconstruction de l'index (en passant par le serveur Jetty pour
pouvoir accéder à la fonctionnalité de reconstruction de l'index ;
la resynchronisation avec GAST ne suffit pas)
- redémarrage de Tomcat : ok

(remarque : les services Apache et Tomcat sont arrêtés toutes les
nuits pour des contraintes d'exploitation ; néamoins meme si on
n'arrêtait pas Tomcat toutes les nuits, il faudrait quand même
pouvoir le faire de temps en temps et avoir la garantie que
l'application redémarre correctement... :wink:

par ailleurs y-a-t'il des pistes sur la 2ème partie de la question :
possibilité de lancer la regénération de l'index "off line" par une
commande ou un script (qui pourrait être exécuté en mode batch avant
l'arrêt/redémarrage du service Tomcat) ?

merci d'avance
I. Mallet

Francois Prunayre < fx.prunayre@anonymised.com > 03/11/09 10:43 >>>

Bonjour,

Le 3 novembre 2009 10:26, Landry Breuil < breuil@anonymised.com > a écrit :

Isabelle MALLET wrote:

bonjour,

je reviens sur ce problème d'indexation au démarrage déjà évoquer
dans de nombreux messages sur la liste
(http://sourceforge.net/mailarchive/forum.php?thread_name=23CB51CB
DF2BB7418AB6439FDE03A3B201F12221%40zephyr.agglo-rennesmetropole.fr
&forum_name=geonetwork-users-fr)

sur notre serveur de dév, on a monté une configuration très proche
de celle décrite dans la documentation du Ca-SIF :
- serveurs Tomcat et Apache (mais sur Windows 2003 Server)
- Géosource 2.2.1

- base de données PostgreSQL (sur un serveur Linux séparé)

on rencontre systèmatiquement le problème de blocage du
redémarrage du service Tomcat après la saisie de fiches ayant des
mots-clés et/ou contacts liés : le blocage est lié au problème
d'indexation de la dernière fiche de métadonnées saisie on s'en
sort sans avoir besoin de supprimer la fiche, en faisant
simplement une regénération de l'index (menu Administration >
Reconstruire l'index) mais c'est très très génant
- car il faut être logué "admin" pour faire cette opération de
réindexation et l'utilisateur qui saisit les fiches n'est pas
censé à avoir le profil "admin" et faire ce genre d'opération
avant de terminer sa session de saisie !
- car le service Tomcat est arrêté/redémarré automatiquement
toutes les nuits : donc si la réindexation n'est pas faite avant,
le redemarrage plante toutes les nuits...

Par curiosité, pourquoi redémarrer Tomcat toutes les nuits ?

ma question est donc la suivante :
1) est-il possible de désactiver l'indexation automatique au
démarrage
:
demande déjà formulée plusieurs fois sur la liste et bug corrigé
dans Geonetwork 2.4.1 cette option a elle été incluse dans
Géosource 2.2.1 ?
(en tout cas le bug ne semble pas corrigé dans Géosource 2.2.1...)

Le commit que vous cherchez est le suivant :
http://geonetwork.svn.sourceforge.net/viewvc/geonetwork?view=rev&re
vision=5229 Qui a priori est intégré dans Geosource 2.2.1. Donc
l'index ne devrait pas être reconstruit a chaque démarrage de
Tomcat.

En effet, sauf si l'index est dans un statut invalide (ce qui n'est
en général pas le cas lors d'un arrêt/redémarrage).

Ce qui semble étrange est le fait de bloquer sur la dernière fiche
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Auriez-vous des précisions sur ce point ?

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