Fabio,
non credo che mapserver si occupi di gestione utenti, comunque due risorse base sul WMS con mapserver sono queste:
http://mapserver.gis.umn.edu/docs/howto/wms_server
http://www.intl-interfaces.com/cookbook/WMS/
I primi due metodi che mi vengono in mente per fare quello che vuoi te:
1) accesso utenti gestito da Apache
http://httpd.apache.org/docs/1.3/howto/auth.html
2) gestione tramite "proxy" php
Una pagina php può tranquillamente fare da tramite fra l'utente ed il mapserver. La pagina in questione può gestire le sessioni e le autenticazioni degli utenti prima di permettere l'accesso al mapserver. Se la prepari per bene puoi anche costituire dei grupppi di utenti che possono o meno accedere a gruppi di risorse o diverse qualità del servizio.
ciao
Lorenzo