G70> CMD="v.build map=seg005" G70> valgrind --tool=memcheck --leak-check=yes --show-reachable=yes $CMD ==2885== Memcheck, a memory error detector ==2885== Copyright (C) 2002-2013, and GNU GPL'd, by Julian Seward et al. ==2885== Using Valgrind-3.9.0 and LibVEX; rerun with -h for copyright info ==2885== Command: v.build map=seg005 ==2885== D2/2: G_file_name(): path = /home/pietro/combabula/pietro D1/2: Vect__open_old(): name = seg005, mapset = pietro, layer = NULL, update = 0, head_only = 0, is_tmp = 0 D1/2: Vect__open_old(): is_tmp = 0 (check GRASS_VECTOR_TEMPORARY) D1/2: Vect_set_thresh(): thresh = 0.000000 D1/2: dig_spidx_init(), 2 dims D1/2: G_find_vector2(): name=seg005 mapset=pietro D2/2: G_file_name(): path = /home/pietro/combabula/pietro/vector/seg005 D1/2: Map: name = seg005, mapset = pietro, temporary = 0 D2/2: G_file_name(): path = /home/pietro/combabula/pietro/vector/seg005/frmt D1/2: Vector format: 0 (native) D1/2: Vect_set_thresh(): thresh = 0.000000 D1/2: Vect__read_head(): vector = seg005@pietro D2/2: G_file_name(): path = /home/pietro/combabula/pietro/vector/seg005/head D2/2: file open: read (mode = r) D1/2: Vect_set_thresh(): thresh = 0.000000 D2/2: G_file_name(): path = /home/pietro/combabula/pietro/WIND D2/2: file open: read (mode = r) D2/2: G__read_Cell_head D2/2: G__read_Cell_head_array D1/2: Level request = 1 D1/2: V1_open_old_nat(): name = seg005 mapset = pietro D2/2: G_file_name(): path = /home/pietro/combabula/pietro/vector/seg005/coor D2/2: file open: read (mode = r) D2/2: G_file_name(): path = /home/pietro/combabula/pietro/vector/seg005/coor D1/2: get coor info: /home/pietro/combabula/pietro/vector/seg005/coor D1/2: Vect_coor_info(): Info->size = 3198718980, Info->mtime = 1385672584 D2/2: dig__read_head(): name = 'seg005' D2/2: Coor header: file version 5.1 , supported from GRASS version 5.1 D2/2: byte order 0 D2/2: header size 18 D2/2: with_z 0 D2/2: coor size 0 D2/2: G_file_name(): path = /home/pietro/combabula/pietro/vector/seg005/coor D1/2: get coor info: /home/pietro/combabula/pietro/vector/seg005/coor D1/2: Vect_coor_info(): Info->size = 3198718980, Info->mtime = 1385672584 D1/2: coor size in head = 0, real coor file size= 3198718980 WARNING: Coor file of vector map is larger than it should be (3198718980 bytes excess) D2/2: dig_file_load () D2/2: requested mode = 2 D2/2: size = 3198718980 D2/2: file was not loaded to the memory D1/2: Vect__open_old(): vector opened on level 1 D1/2: Vect_read_dblinks(): map = seg005, mapset = pietro D2/2: G_file_name(): path = /home/pietro/combabula/pietro/vector/seg005/dbln D2/2: file open: read (mode = r) D1/2: dbln: 1/seg005|seg005|cat|$GISDBASE/$LOCATION_NAME/$MAPSET/sqlite/sqlite.db|sqlite D1/2: field = 1 name = seg005, table = seg005, key = cat, database = $GISDBASE/$LOCATION_NAME/$MAPSET/sqlite/sqlite.db, driver = sqlite D1/2: Dblinks read D2/2: G_file_name(): path = /home/pietro/combabula/pietro/vector/seg005/hist D2/2: file open: read (mode = r) D1/2: Vect_Rewind(): name = seg005 level = 1 D1/2: Vect_open_sidx(): name = seg005 mapset= pietro mode = new D1/2: Memory based spatial index D2/2: dig_cidx_free() D1/2: Vect_Rewind(): name = seg005 level = 1 --2885:0:aspacem <<< SHOW_SEGMENTS: out_of_memory (635 segments, 55 segnames) --2885:0:aspacem ( 0) /usr/lib/valgrind/memcheck-amd64-linux --2885:0:aspacem ( 1) /home/pietro/docdat/src/gis/grass/grass_trunk/dist.x86_64-unknown-linux-gnu/bin/v.build --2885:0:aspacem ( 2) /usr/lib/ld-2.18.so --2885:0:aspacem ( 3) /tmp/vgdb-pipe-shared-mem-vgdb-2885-by-pietro-on-??? --2885:0:aspacem ( 4) /usr/lib/valgrind/vgpreload_core-amd64-linux.so --2885:0:aspacem ( 5) /usr/lib/valgrind/vgpreload_memcheck-amd64-linux.so --2885:0:aspacem ( 6) /home/pietro/docdat/src/gis/grass/grass_trunk/dist.x86_64-unknown-linux-gnu/lib/libgrass_vector.7.0.svn.so --2885:0:aspacem ( 7) /home/pietro/docdat/src/gis/grass/grass_trunk/dist.x86_64-unknown-linux-gnu/lib/libgrass_gis.7.0.svn.so --2885:0:aspacem ( 8) /usr/lib/locale/locale-archive --2885:0:aspacem ( 9) /usr/lib/libm-2.18.so --2885:0:aspacem (10) /usr/lib/libc-2.18.so --2885:0:aspacem (11) /home/pietro/docdat/src/gis/grass/grass_trunk/dist.x86_64-unknown-linux-gnu/lib/libgrass_dbmiclient.7.0.svn.so --2885:0:aspacem (12) /home/pietro/docdat/src/gis/grass/grass_trunk/dist.x86_64-unknown-linux-gnu/lib/libgrass_dbmibase.7.0.svn.so --2885:0:aspacem (13) /home/pietro/docdat/src/gis/grass/grass_trunk/dist.x86_64-unknown-linux-gnu/lib/libgrass_dgl.7.0.svn.so --2885:0:aspacem (14) /home/pietro/docdat/src/gis/grass/grass_trunk/dist.x86_64-unknown-linux-gnu/lib/libgrass_dig2.7.0.svn.so --2885:0:aspacem (15) /home/pietro/docdat/src/gis/grass/grass_trunk/dist.x86_64-unknown-linux-gnu/lib/libgrass_linkm.7.0.svn.so --2885:0:aspacem (16) /home/pietro/docdat/src/gis/grass/grass_trunk/dist.x86_64-unknown-linux-gnu/lib/libgrass_rtree.7.0.svn.so --2885:0:aspacem (17) /usr/lib/libgeos-3.4.2.so --2885:0:aspacem (18) /usr/lib/libgeos_c.so.1.8.2 --2885:0:aspacem (19) /usr/lib/libgdal.so.1.10.0 --2885:0:aspacem (20) /home/pietro/docdat/src/gis/grass/grass_trunk/dist.x86_64-unknown-linux-gnu/lib/libgrass_btree2.7.0.svn.so --2885:0:aspacem (21) /home/pietro/docdat/src/gis/grass/grass_trunk/dist.x86_64-unknown-linux-gnu/lib/libgrass_gproj.7.0.svn.so --2885:0:aspacem (22) /home/pietro/docdat/src/gis/grass/grass_trunk/dist.x86_64-unknown-linux-gnu/lib/libgrass_raster.7.0.svn.so --2885:0:aspacem (23) /usr/lib/libpq.so.5.6 --2885:0:aspacem (24) /home/pietro/docdat/src/gis/grass/grass_trunk/dist.x86_64-unknown-linux-gnu/lib/libgrass_datetime.7.0.svn.so --2885:0:aspacem (25) /usr/lib/libz.so.1.2.8 --2885:0:aspacem (26) /usr/lib/libpthread-2.18.so --2885:0:aspacem (27) /usr/lib/libstdc++.so.6.0.18 --2885:0:aspacem (28) /usr/lib/libgcc_s.so.1 --2885:0:aspacem (29) /usr/lib/libsqlite3.so.0.8.6 --2885:0:aspacem (30) /usr/lib/libexpat.so.1.6.0 --2885:0:aspacem (31) /usr/lib/libnetcdf.so.7.2.0 --2885:0:aspacem (32) 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1619005440/1619005440 max/curr mmap'd, 6/0 unsplit/split sb unmmap'd, 1601950624/1601950624 max/curr, 123661/2029643136 totalloc-blocks/bytes, 122996 searches 8 rzB --2885-- dinfo : 32239616/32239616 max/curr mmap'd, 3/3 unsplit/split sb unmmap'd, 31211664/31158704 max/curr, 148067/ 75052288 totalloc-blocks/bytes, 148408 searches 8 rzB --2885-- client : 4177838080/4177838080 max/curr mmap'd, 8091/117 unsplit/split sb unmmap'd, 1751547760/1751547760 max/curr, 65975133/173014014240 totalloc-blocks/bytes, 65980590 searches 24 rzB --2885-- demangle: 0/ 0 max/curr mmap'd, 0/0 unsplit/split sb unmmap'd, 0/ 0 max/curr, 0/ 0 totalloc-blocks/bytes, 0 searches 8 rzB --2885-- ttaux : 417792/ 327680 max/curr mmap'd, 1/0 unsplit/split sb unmmap'd, 253168/ 180576 max/curr, 1205/ 482528 totalloc-blocks/bytes, 1201 searches 8 rzB ==2885== ==2885== Valgrind's memory management: out of memory: ==2885== memcheck:allocate new SecMap's request for 16384 bytes failed. ==2885== 6948536320 bytes have already been allocated. ==2885== Valgrind cannot continue. Sorry. ==2885== ==2885== There are several possible reasons for this. ==2885== - You have some kind of memory limit in place. Look at the ==2885== output of 'ulimit -a'. Is there a limit on the size of ==2885== virtual memory or address space? ==2885== - You have run out of swap space. ==2885== - Valgrind has a bug. If you think this is the case or you are ==2885== not sure, please let us know and we'll try to fix it. ==2885== Please note that programs can take substantially more memory than ==2885== normal when running under Valgrind tools, eg. up to twice or ==2885== more, depending on the tool. On a 64-bit machine, Valgrind ==2885== should be able to make use of up 32GB memory. On a 32-bit ==2885== machine, Valgrind should be able to use all the memory available ==2885== to a single process, up to 4GB if that's how you have your ==2885== kernel configured. Most 32-bit Linux setups allow a maximum of ==2885== 3GB per process. ==2885== ==2885== Whatever the reason, Valgrind cannot continue. Sorry.