E’ un problema che conosco abbastanza bene anche io 
Le specifiche OGC-WMS dicono chiaramente che se ho una lista del tipo:
layers=id-0,id-1,id-2,id-3
il server wms deve tracciare
prima id-0 , poi ci deve tracciare sopra (coprente) l’ di-1 , poi l’id-2, etc…
A WMS shall render the requested layers by drawing the leftmost in the list bottommost, the next one over that,
and so on.
Purtroppo, il problema sta nel get-capabilities.
Personalmente non ho mai trovaot scritto da nessuna parte che il primo strato elencato nel get-capabilities fosse il bottom-layer e l’ultimo il top-layer.
Non essendo normata , questa cosa, va all’i9nterpretazione del client-gis. Il quale a seconda di come gli gira (e di come gli torna meglio con la tecnologia che sua)
decide che il primo strato del get-capabilities e’ il top-layer o il bottom-layer.
Di conseguenza chiedere che ti cambino il senso di interpretazione e’ troppoo drastico (se era un errore di interpretazione delle specifiche era un altro conto),
cambiarlo potrebbe interferire con un qualcosa che altri hanno gia’ costruito seguendo l’attuale sistema di qgis.
Piu’ ragionevole e’ chiedere che venga messa tra i settaggi una checkbox che indichi a qgis in che modo interpretare il get-capabilities, partendo dal top-layer o dal bottom-layer.
L’utente sceglierebbe cosi’ a livello di customizzazione personale se qgis nel wms deve agire in senso ascendente o discendente.