[Gfoss] problemi di differenza

Ho un problema nel fare una differenza fra shape.
Ho lo shape della regione sardegna e un altro shape delle varie zone sic sarde. A questo punto vorrei creare un altro shape sottraendo le aree sic alla sardegna.
Lo shape sic ha alcune aree che oltrepassano i confini sardi, cioè le zone sic non sono completamente contenute nello shape della sardegna.
Visto che le zone sic erano vari poligoni disconnessi fra loro, ho dissolto il tutto creano un unico shape.
A questo punto nè con gdal nè con ftool funziona lo strumento differenza.
A cosa può essere dovuto?