>io li ho giusto presi ieri e ho dovuto cambiargli sistema di
>riferimento: da wgs84 a monte Mario e il risultato è stato perfetto
Sul sito istat dicono che e’ UTM .
…dati sono in formato shapefile; tale formato dati è stato reso pubblico già da parecchi anni ed utilizzato per lo scambio di dati in
ambito GIS (Geografic Information System). I dati cartografici forniti sono
nel sistema di riferimento ED_1950_UTM zona 32;
il dettaglio tecnico della proiezione è riportato nel file apposito, associato a ciascun file geografico.
Probabilmente l’equivoco e’ cosa si intende per “perfetto”.
Usando la trasformazione errata commetti un errore, se poi l’errore che compi non e’ per te rilevante allora e’ perfetto 
Inoltre ti segnalo che sul sito istat e’ presente anche uno shapefile aggiornato a dicembre 2008. Quello che hai preso te e’ riferito al 2001.
Puoi trovarlo a questa pagina, insieme alle info sul sistema di riferimento.
http://www.istat.it/ambiente/cartografia/