La maniera piu' rapida per sapere che applicazioni vi girano e' guardare la cartella "work".
Ogni cartella presente sotto il livello "work" e' una applicazione eseguita dal tomcat.
Il file conf non ti da certezza, perche' alcune applicazioni potrebbero essere auto-deployable e quindi non essere realmente definite nel file di configurazione.
Pero' a guardare quello che posti, io direi che hai due istanze di tomcat.
Una lanciata da "root" e una da un utente "tomcat".
E per giunta hanno le medesime configurazioni, per cui entrambe vedono le stesse cartelle.
secondo me piu' che killarlo dovresti andare nella cartella init.d e guardare se e' presente (suppongo di si')
un paio di startup di tomcat,
uno con owner root e uno con owner "tomcat"
Per completare il quadro.
potresti andare nelle cartelle rc?.d e rimuovere i links al file di startup di tomcat presente nella cartella init.d.
Dovrebbe bastare ....
Andrea.