Ciao,
mi sono imbattuto in questo problema: in uno ShapeFile di punti ne ho spostato uno tramite calcolatore campi, riassegnando la geometria in base agli attributi x e y contenuti in due colonne (il layer era stato creato tramite csv che aveva alcuni errori di posizionamento del separatore decimale nelle colonne lat e long); al salvataggio non pare essere aggiornato il bb. Ho provato a spostare a mano (con lo strumento sposta) ed il risultato è uguale.
Ho provato con uno shape di poligoni ed in questo caso pare funzionare.
Mi pare anche che il comportamento sia differente tra coordinate geografiche e piane.
Salvando lo shapefile con altro nome, il bb viene ricalcolato.
Sto utiizzando la versione 3.28 su Win.
Qualcuno ha tempo per confermare il problema?
Grazie 
marcog
Ciao,
Hai provato ad aggiornare estensione presente nelle proprietà del layer | Sorgente?
In ogni caso, prova a chiudere e riavviare QGIS e ricaricare lo shapefile.
Facci sapere
saluti